虽然已经提出了各种理论，但性偏好障碍的病因目前尚不清楚（Krueger＆Kaplan，2001）。在生物学方面，有几项研究检查了内分泌异常对产生性偏好障碍的作用，但没有记录性偏好障碍差异的数据（Krueger＆Kaplan，2001）。同样，神经解剖学和神经化学的研究并没有发现特定的大脑异常（Hucker et al.，1988；O’Carroll，1989，Tarter et al.，1983）。同样，支持遗传学在性偏好障碍发病中的作用的数据也很少（Krueger＆Kaplan，2001）。
在心理社会理论方面，普遍持有的观点是，那些虐待儿童的人自己也曾受虐。然而，现有数据不支持这一论点。如果对虐待的估计是正确的，那么10个儿童中就有1个在18岁前遭受过性虐，但这些孩子绝大多数不会发展为恋童症（Murphy＆Peters，1992）。研究告诉我们，有儿童受虐史并不是发展为恋童症的充分必要条件。在一个样本中，28%的性罪犯称其在儿童时有过被性虐待的历史，与非犯罪的社区样本相比较，后者只占到10%（Hanson＆Slater，1988）。虽然有被虐史的性罪犯所占的比例较高，但它仍然意味着几乎3/4的性罪犯没有儿童期被虐史。
有人提出行为条件反射理论解释性偏好障碍的发展，但实证数据很少。例如，如果一个人从事性偏好障碍行为并获得性释放，那么从事该行为可被强化并倾向于被重复。类似地，有人假设消极的家庭环境和被破坏的家庭结构有致病作用，但这些假设主要基于少数几个支持数据很少的孤立病例的报告（Brotto＆Klein，2007）。