经过谨慎挑选，琼斯最终决定在南美洲的圭亚那建立自己的社区。在琼斯看来，这是很好的选择，因为圭亚那当局很容易受贿，这样就可以让他从事非法武器与毒品交易。1974年，他从圭亚那当局得到了4000亩西北部丛林的租赁权。他把那里命名为“琼斯城”，随后，魅力牧师带着几百名追随者收拾行囊，迁往圭亚那。这个过程很残酷。琼斯城可谓与世隔绝，土壤贫瘠，最近的水源在7英里之外，而且路途崎岖泥泞。严重的腹泻和高烧是琼斯城的常见病。除了每天11小时的工作外，圣殿信徒们还要出席很长时间的晚祷告并参加社交课程。如果谁失职了，就要接受惩罚，惩罚包括被关在棺材一样的木箱子里、在废弃的井里待上几个小时。
1978年11月17日，美国国会议员利奥·莱恩决定前往圭亚那的琼斯城，调查有关那里的美国公民受到琼斯控制的传言。当他刚到那儿时，听到的是对于琼斯城的一片赞扬之声。然而，在第一天访问即将结束之前，有些家庭偷偷地向莱恩透露，他们生活得非常痛苦，希望尽快离开此地。第二天早上，11名圣殿信徒似乎感觉到了琼斯城即将成为是非之地，于是穿过30英里的浓密雨林秘密出逃。而在那天晚些时候，莱恩和一小部分打算离开的人前往附近的机场，打算乘飞机返回美国。琼斯率领的圣殿“红色旅”武装人员在机场附近埋伏射击，打死了莱恩和他的随行人员。莱恩也因此成为美国历史上唯一一位在执行公务时遇害的国会议员。
琼斯似乎感觉到了自己的小王国面临崩溃，于是召集了琼斯城的所有居民，宣布莱恩及其随行人员都被处决了，并且声称美国政府要对琼斯城进行报复，呼吁大家集体为了未完成的“革命”自杀。然后，一大桶掺有氰化物的葡萄汁被抬了出来，琼斯要求每个人都喝一杯。他命令父母先给孩子们喝，然后自己再喝。当时留下来的录音带表明，琼斯向那些不愿意参加自杀的信徒咆哮：“我不在乎惨叫，我不在乎痛苦的呼喊，这样的生活就是无尽的死亡。如果你们知道未来会发生什么，你们现在会很乐意走在死亡的前头。”在这次集体自杀仪式上，超过900人结束了自己的生命，其中包括270名儿童。尽管自杀仪式现场有几名武装人员来回巡视，不过，看上去绝大多数信徒都是自愿自杀的，其中一名妇女在自杀前，还在自己的手臂上写下“吉姆·琼斯是我的一切”。这一集体自杀事件是2001年“9·11事件”前，美国历史上单次非正常死亡民众人数最多的一次。
30多年以来，心理学家们纷纷研究，试图解释吉姆·琼斯如何能让那么多人自愿结束生命，他又是怎样做到让父母自愿亲手毒死自己的孩子的。其中有一项研究指出，大部分人民圣殿的信徒心理非常脆弱，而琼斯关于平等和种族融合的言论正好给了他们需要的慰藉。琼斯把琼斯城称作“乐土”，父母可以在这里养育自己的孩子，远离种族歧视。另外，琼斯设立的目标也很诱人，他向人们宣扬，琼斯城要让人们从无所事事中解脱出来，人人都有目标、有价值，每个人都是一个大家庭的成员，互相关怀，互相体谅。正如一个幸存者说的那样：“没有人认为自己是加入了邪教……你加入的是一个宗教团体，你和你喜欢的人一同生活。”这些都为日后的琼斯城惨剧埋下了伏笔，可这些因素还不足以构成集体自杀的充分理由。尽管人们在一般情况下都愿意加入宗教或者政治团体，因为在那里可以得到大家庭般的关怀，但这并不能让人们放弃自己的生命。心理学家们认为，琼斯用了四个工具对信徒进行心理控制。