南明诸政权的兴亡
1644年下半年，清军在华北的进军相当顺利，华北大部很快成为新缔造的清帝国的领土。许多地方的居民已经在此前十多年各地盗匪和明军的拉锯交战中死伤惨重，残余的居民热切地期待新和平的到来，不管带来这种和平的是否是汉族人。对于各地官员来说，清军是为不幸的思宗皇帝复仇而来，这使得他们的投降有了正当的理由，而对那些曾向李自成投降的官员来说，就更没有理由拒绝为清廷效命了。218更令人鼓舞的是，在1644年下半年新政府出台了一系列政策，废除或降低了明朝多项沉重的税赋。219这赢得了农民和小地主的支持，从而将新帝国建立在了一个牢固的根基上。
南方人的想法则完全不同。在北方政治局势天翻地覆的几年中，诸南部省份仍然保持了和平甚至繁华，但此刻南方人不得不面对北京的中央政府覆灭后的危机。北京沦陷后不久，1644年6月19日，南方的主要官员迎接思宗的堂兄弟朱由菘为皇帝，即弘光帝，因而在南京重建了明朝政府。这一临时政府在出兵北伐以收复北方和单纯防御以保有华南之间犹豫不决。最后他们认为李自成才是自己最危险的敌人，而清朝是可以协议和平的潜在盟友。史可法统帅南明的主力军队在扬州驻扎，但并没有北上的意图，只是梦想等到清军消灭李自成后，可以顺利地恢复故土。
清军此时也的确在追剿李自成。在占领山西后，英亲王阿济格和吴三桂的军队便直扑西安。在1645年初，清军用大炮轰开了潼关的关隘，李自成被迫放弃西安，退向湖北。他的死敌吴三桂在背后紧追不舍，每一次交战李自成都会损失一些兵力，连他所宠爱的陈沅也被吴三桂在战乱中夺回了。220最后在湖北东部九宫山他被吴三桂重重围困。当年9月，他最信赖的部下胡逸之带着一具很像李自成的尸首去见吴三桂，告诉他李自成已经被自己所杀。吴三桂相信了这一点，对胡逸之。不仅赦免了他的罪行而且加以赏赐。但事后知道，李自成是在胡逸之的掩护下悄然逃走了。221
尽管如此，如今大顺政权也已彻底覆灭，清廷可以腾出手来对付东南部的敌人们。多尔衮的弟弟多铎率领大军南下，首当其冲的是在山东东部的袁承志“山宗”军团。此地自1643年的泰山会议以后就被袁承志部下的山宗及山东盗匪集团所占领，在鼎盛时期大约有两万人的军队，其中包括许多知名武术家。在离开北京后，袁承志不久后来到这里，成为一支独立军事力量的首领。在西部流窜的大顺政权和南京重建的明政权之间采取了暧昧的态度。
在1645年春，既然清朝南下的趋势已经越来越明显了，袁承志和史可法的军队也结成了抵抗清军的联盟，八旗军对山宗军的几次进攻都被击退，但袁承志的实力也损耗很大，仅能自保，而无力援救南方。很快他和南明政府的联系就被南下的清军分隔开来。
袁承志最初还抱希望于和史可法联合，对清军进行腹背夹击，但南明的孱弱出于他的意料。这一临时政府在内部党争和兵变的折磨下仅能勉强维持自己的存在。清军前锋在5月中旬到达扬州附近，于19日夜里开始攻城，第二天城防就被攻破。史可法被擒获后拒绝投降，被多铎处死。在随后十天里清军实施了残酷的抢劫、奸污和屠杀，据当时人们估算，有八十万人死于这场臭名昭著的屠城。
这次屠城也是对企图抵抗者的警告，南京政府透彻地理解了这一点。此后多铎大军没有再遇到严重的抵抗，到了6月16日，南京打开城门向多铎投降。出逃的弘光帝被俘虏，并于次年被处决。
在摧毁了号称明朝正统的南京政府后，多铎开始腾出手来对付山东的袁承志，在其向南方进军时后方曾受到后者的严重干扰。在当年夏天，袁承志的军队在山东沿海地带被清军层层围困，他高明的武术造诣在此作用甚微。在袁承志濒临绝境时，渤海派的首领洪胜海调来了一批船只，带着袁承志和他的亲随离开中国大陆，远赴南中国海。在那里，他们抢夺了西班牙人所占据的、狭长的巴拉望岛（Palawan），此地在今天仍然以风光美丽而著称。222据说后来郑成功在1659年的南京战役时曾经和他联系，但袁承志已经满足于在海外的快乐生活，不愿再返回大陆。
大顺和南京政权的灭亡，以及袁承志从大陆撤退，这些标志着清朝在中国本部的统治已经初步稳固。现在多尔衮决心开展下一步的巩固措施。他发布了恶名昭著的“剃发令”，这一政策要求全国的汉族居民像满洲居民一样剃掉前额的头发，并将头发扎成发辫。对于汉族人来说，这不仅是对他们生活方式的粗暴干涉，也意味着被野蛮人所同化，即使在蒙古统治时期也没有过这种非分的要求。但满洲统治者却认为这是检验汉族臣民是否顺服的重要标准。这一命令引起了各阶层汉族人民的狂怒，新的激烈冲突不可避免地发生了。
从1645年下半年开始，因为抵制剃发政策的缘故，一些已经平定的城市开始反满暴乱，而一些尚未归属新政权的城市则坚定了抵抗到底的决心。清军为了威吓而一再屠城，但并没有平息抵抗的浪潮。譬如嘉定县城，在第一次屠城之后，仍然有反剃发者敢于公然造反并杀死地方官，在接连三次屠城之后才平定下来——如果几乎没有人定居也能算平定的话。民间和武术世界的主要力量都投入到反清运动中，北方接二连三地发生叛乱，而南方战争的结束也更加遥遥无期。
即使在南京政府覆灭后，南方大部分地区仍然尚未被清朝侵入。 “巨鲸”郑起云在福州拥立唐王朱聿键为帝，称为隆武帝。作为报偿，郑起云本人被封为侯爵。他的长子郑森形式上被隆武帝收养为自己的儿子，赐名成功。不过随着清军进一步南下扫荡，郑起云在清朝的压力和利诱下投降，使得隆武政权在1646年底被清军攻灭。隆武帝被杀，投降的郑起云被废去了内力，带到北京进行事实上的软禁。只有他的儿子郑森仍然坚持着抗清事业。
隆武政权的颠覆导致了明朝残余势力之间的又一次内讧。桂王朱由榔——也是神宗的最后一个孙子——在肇庆登基称帝，史上称为永历帝，而朱聿键的弟弟朱聿讁则在广州登基，称为绍武帝。在永历和绍武两个政权之间进行了一场短促的战争。绍武击退了永历军，不过他们已经没有时间庆祝了。在1647年1月，清军占领广州，绍武帝被俘，很快死于囚禁中。
永历政权的寿命要长得多。它在云南的明朝黔国公沐天波和原张献忠部下农民军的支持下长期继续下去，甚至一度占领西南数省，看来不无恢复的希望。不过在清朝的反复围剿下，永历政权所占领的地域逐渐收缩到云南一隅。在1659年初吴三桂率清军进入云南，永历帝逃亡到缅甸，但是被缅甸人囚禁，沐天波也被缅甸士兵所杀。1662年，缅甸在清朝的压力下交出了永历帝。吴三桂为了向清廷表明自己的忠诚，亲手用弓弦将永历帝绞死。223朱氏王朝的皇帝序列自此彻底终结了。
从清朝入关到永历帝之死之间的十八年，并非只是明朝终结的漫长尾声，而也深深影响了清代的武术世界。满清的剃发和屠杀使得民族仇恨的种子深深种下，明朝统治时期的弊端很快被遗忘了，在人们的印象中变成了一个逝去的玫瑰色时代，思宗和永历帝等不幸的帝王被长久哀叹和纪念，而几名战乱中失踪的皇子则被认为仍在人间。“反清复明”成为武术世界所普遍赞同的口号，虽然并非所有人都有这样的决心，但普遍对此不无同情。此后长达一个多世纪的武术世界反清运动在这些峥嵘岁月中已深深扎根。虽然随着时间的流逝而有时沉寂，但从未被遗忘，直到清朝的灭亡仍然能听到回响。
清世祖的统治；神龙教兴起
清朝统治中国的第一个皇帝福临，即清世祖或称顺治帝（1643年—1661年在位），登基时只有六岁，大部分政策出自他的叔叔多尔衮之手。随着清朝统治逐渐的巩固，多尔衮不仅为自己取得了“皇帝之父”的头衔，而且开始筹划将皇冠戴到自己头上，在孝庄太后的请求下才没有立刻进行——据说这一请求是在床上进行的。随着时间的推移，摄政王篡夺皇位的迹象日益明显。对世祖来说幸运的是，多尔衮在1650年就暴毙而死，死后他的小集团被皇帝逐步清除。两年后世祖剥夺了多尔衮的一切荣誉，甚至他的尸体也从地下被挖出来斩首。直到乾隆时期才部分恢复了其名位。
当世祖亲政后，便展开一系列改革，主要依赖汉族的精英官员洪承畴和陈名夏等人，对享有特权的满洲贵族进行遏制。为了伸张皇权，甚至宦官也得以拥有一定政治权力。世祖在内廷建立了所谓“十三衙门”，提拔了吴良辅、海大富等亲信的宦官为各监首领。吴良辅是皇帝最信任的太监，掌握宫廷大权，甚至曾作为皇帝的替身出家为僧侣。海大富的年纪要大得多，他来自明代的宫廷，一直籍籍无名，在顺治时期被提拔为管理膳食机构的负责人。海大富对于世祖的恩宠感激涕零，在宫廷中他学到了崆峒派的高阶武术，虽然低调，但却是暗中保护皇帝的武术精英。甚至有学者怀疑，多尔衮在1650年的暴毙就是被忠于少年皇帝的海大富所暗杀的。224
世祖摆脱了多尔衮的威胁，但又被母族的压力所困扰，他在1651年迎娶了其母孝庄太后的侄女、来自蒙古科尔沁的博尔济吉特氏为皇后，这段婚姻的目的是为了巩固满洲和蒙古的关系。但世祖却无法忍受他骄横任性的皇后。皇后在1653年被废黜。此后在孝庄的压力下，世祖另立了一位来自科尔沁的博尔济吉特氏为后，即孝惠皇后（1641年—1718年），这同样是一段满蒙间的政治婚姻，并且也同样是失败的。
在1656年世祖的生活看到了希望的曙光。在一次宫廷宴会上，他邂逅并迷上了胞弟博穆博果尔的妾侍董鄂氏。不顾众人的反对，他将董鄂氏接进宫中，册立为妃，即为董鄂妃。这种无法无天的行径引起了太后和皇后的震怒。博果尔也因此愤懑而死。不过董鄂妃有令人喜爱的人格魅力，在几年内渐渐获得宫中的欢心。她谢绝了皇帝封她为后的恩赐，但得到的宠爱却远胜过皇后。
在17世纪50年代，对新帝国来说唯一的危险似乎只在于南方的明朝残部，并且也在日益萎缩。世祖沉浸在个人的幸福生活中，没有注意到眼皮底下的危险，一种新的地下宗教逐渐在京畿地区蔓延，此即神龙教（Holy Dragon Cult）。
神龙教大约缔造于1645至1650年间，其创始人洪安通，被约翰·史密斯推断为渤海派的洪胜海，这一看法不能不说很有道理。225渤海派是少林在东方的分支，本来是一个籍籍无名的小门派，在辽东战争时期许多关东难民加入了渤海派，使之迅速壮大。在洪胜海的推动下，渤海派参与了袁承志的反清集团，但最终被挫败。此后渤海派退缩到海上，清政府由于海军的弱小而对它无可奈何。
在追随袁承志的时期，洪胜海曾经和来自云南的五毒教接触，学到了其中一些教义和教规，并且由于对袁承志的效忠，而被传授了一位“金蛇先生”的武术，在离开袁承志后，他自己在随后许多年中也成为一位武术大师。洪胜海将五毒教的内容和日月教以来山东的各种秘密宗教仪轨相结合，以残存的渤海派为基础，在随后几年缔造了神龙教，定居在渤海中的蛇岛，该岛被改名为神龙岛。洪胜海也抹去了自己平凡的出身，改名为洪安通。在清朝初年的混乱中，神龙教得以迅速坐大并吸引了数千名信众，但仍然保持高度机密状态。
毛文龙的遗腹女毛东珠（1629年—1674年）在皮岛覆没后被渤海派救出，后来成为了神龙教的重要成员，她在17世纪50年代进入清朝宫廷成为侍女，最初只是为了传教。因为容貌和皇后博尔济吉特氏相似，毛东珠在洪安通的安排下开始了一项匪夷所思的计划。她大约在1657年秘密囚禁了孝惠皇后，自己则在精心化妆后以皇后的身份出现。这一计划险些露出破绽，在同年孝庄太后病重，毛东珠不敢去看望，而受到世祖的严厉责罚，一度被打入冷宫。226此后孝庄也疏远了这位侄孙女，这一点反而便于她争取时间掩饰自己的本来面目。
问题在于，拥有既无权力也无宠爱的皇后身份并没有太大的帮助，毛东珠的唯一成就是得知了《四十二章经》的秘密，但一时无法拿到所有经书。洪安通指示她伺机取得经书，但假皇后的牌还可以有更大的用处。洪安通制定了一项更骇人听闻的计划。他潜入皇宫，让毛东珠受孕之后设法和皇帝亲近，这样可以将自己的孩子拿来冒充皇嗣。在毛东珠的哀求下，世祖最后勉强和她圆房，这样她的受孕就有了合理的理由。她在1658年成功地生下一个女儿，封号为建宁公主。
但女儿没有继位的可能，毛东珠现在必须牢牢抓住皇帝才能继续执行洪安通的计划。但经过几年的努力后，世祖却仍然疏远她，而将全部的感情都倾注在董鄂妃身上。在1660年，董鄂妃甚至成功地为世祖生下了一个儿子，皇帝异常欢喜，显然想立这个儿子为嗣，而董鄂妃也可以以儿子的名义成为真正的皇后。毛东珠决不允许这种可能发生，用一种“使骨头融化的柔软掌法”，她不留痕迹地杀死了董鄂妃刚刚出生的儿子，这个孩子死后被悲恸的皇帝封为荣亲王。当年9月，她又设法用同一种武术给董鄂妃以致命的内伤，让她在几天后去世，人们普遍认为这是因为过于悲伤导致的，只有精通武术的海大富发现了一些痕迹。227
毛东珠没有想到的是，世祖因为董鄂妃的死而极为悲痛，甚至想要轻生，在周围人的昼夜看护下才阻止了他这么做。人们本来以为皇帝的悲伤可以随着时间而渐渐减轻。但世祖用剩下的时间为董鄂妃撰写了传记并编撰了她的语录，命令发行天下。此时他开始越来越频繁地和玉林琇、茚溪森及木陈忞等著名禅宗僧侣接触。在佛教的影响下，世祖打算放弃一切，成为僧侣。有一次甚至已经在寺院里剃光了头发，但被玉林琇劝回了皇宫。228不过世祖已经决意彻底告别帝王生涯，最终在1661年年初，也就是董鄂妃死后四个月，世祖留下了一封诀别信，在侍卫总管赫巴察的护送下跟随玉林琇离开北京，再也没有回来。事后人们知道，他已经在五台山清凉寺秘密出家。229由此突兀地结束了清朝入关后第一个皇帝的统治时代。
世祖失踪的头几天被宣布为染病，以解释他无法再接见大臣。在多日遍寻不获后，孝庄太后不得不于1661年2月2日宣布世祖被天花感染而突然死亡。这是一个很好的理由，在当时这种疾病正在北京的满洲人中肆虐，多铎即死于天花。一个身材相似的侍卫被处死，他的尸体被用来冒充皇帝。因为天花的传言，没有人敢接近皇帝的遗体，这一谎言在当时未引起怀疑。但是董鄂妃的妹妹贞妃可能发现了某些蛛丝马迹，被毛东珠杀死后，宣布为自愿殉葬。
在世祖被宣布死亡后，在其不多的幼子中，第三子玄烨被立为皇帝。玄烨的生母是一位有汉人血统的低级妃嫔佟佳氏，她被尊为圣母皇太后，这样对母后皇太后，亦即假冒太后的毛东珠就具有了相当的地位。有望独揽大权的毛东珠当然不会容许有人和她分享地位，她在1663年如法炮制地暗杀了这位不幸的新皇后，从而成为唯一的太后。此时仍然享有比她更高权位的唯有太皇太后孝庄。毛东珠本来也打算对这位德高望重的老妇人下手。但海大富已经察觉到了宫廷中一连串不寻常的谋杀案而对太皇太后加以严密保护，最终让毛东珠放弃了这个计划。
郑成功的海上战争
在北方海域上，皮岛、渤海派和神龙教先后称雄，其影响甚至延伸到了北京宫廷之中。但较之南方的海上力量仍然不免相形见绌，后者是真正的海上霸权。在十六世纪末，随着世界性贸易体系的形成，在中国东南沿海、日本及东南亚之间建立起了繁荣的海上贸易网络，因而也出现了合海商与海盗为一体的海上武装集团。这可以视为江湖空间向海洋空间的拓展。在十六世纪上半叶，这一网络被郑起云的家族所垄断。在郑起云向清朝投降后，他的儿子郑森或郑成功接替了他的地位，并压服了族中的几名实权人物，郑成功对于其海商集团的治理十分出色，郑氏的武装力量在此后多年中不仅没有被清朝消灭，而且更加壮大了。
郑成功在1650年占领了厦门和金门两个岛屿作为根据地，并一度控制了从浙江到广东的多个沿海州县，和西南的永历政权配合，对其他沿海地区也反复骚扰，令匮乏强大海军的清政府苦恼不堪，郑成功也被永历帝封为延平郡王，成为南明势力在东南部的中心。郑成功海军的财政来源依赖于在中国内地和海外之间的走私贸易，这意味着有一个庞大的江湖网络为他服务。事实上郑成功和武术世界之间也有千丝万缕的联系。他的主要将领刘国轩（1629年—1693年），是出身自福建少林寺的武术家，另一名将领冯锡范，是昆仑派张心一的弟子，而后来背叛他的施琅（1621年—1696年），则出身在福建有相当大影响力的武夷派。230福建地堂门的林兴珠在当时也是他麾下的一名低级军官。231
在太湖和附近水系的水上盗匪，是郑成功依赖的主要力量之一，和富庶的江南地区的走私贸易可能就是通过这一关系进行的。其首领钱应被郑成功任命为南明总兵。郑成功一直打算夺取这一地区，作为向北方进攻的基地，他原本计划在钱应的武装配合下发动攻击。不过钱应的游击队过于膨胀，以至于在1658年和清朝的地方武装发生冲突，最终被清朝的两江总督郎廷佐所剿灭。郑成功在江南失去了一枚精心埋伏的棋子。232
郑成功夺取江南的计划并未因此改变。在1659年，在其参谋陈永华的建议下，郑成功决意进行一场伟大的军事冒险。他亲率一支由数千艘大小船只组成、超过二十五万人的军队，从厦门北上，驶入长江口，沿岸诸多州县纷纷投诚。许多平民看到穿着明朝服色，梳着明式头发的军队，纷纷痛哭流涕。
郑成功在1659年8月抵达南京城下，开始围城。他过于想保全自己的实力，所以宁愿等待对方投降，不愿进行势在必得的进攻，尽管陈永华劝说他这么做。这一战略失误使得他的对手郎廷佐有机会调动精锐的满洲骑兵。在9月8日清军开始了反扑，郑成功的陆军被击溃，他的舰队匆匆退出长江，返回海上并向南方驶去。南明势力对中国大陆的最后一次重点进攻就这样被粉碎了。
不过南京战役失败并非郑成功军事生涯的结束。郑成功不得不面对清王朝将长期统治中国大陆的现实，而下决心另谋根据地。出于陈永华的建议，夺取台湾岛的计划被提上议程。
台湾自1624年以后就被荷兰的殖民者所占领，但荷兰人在这一东方大岛上只有约两千军队，并傲慢地认为这部分兵力对付东方人已经足够。在1661年春，郑成功带领约2.5万人的舰队从澎湖抵达台湾，向台南荷兰人的普罗民遮城堡（Provintia）进攻。荷兰人以优势的火枪队在其登陆时阻击，一度将郑成功的军队压制。荷兰人指望依靠火枪能够弥补人数上的劣势，但郑成功采纳了林兴珠的建议，命令士兵用地堂门的滚地武术灵活作战，他们用藤牌挡住了大部分火枪射击，然后用刀从下方砍断了许多荷兰士兵的腿。233于是该城堡被攻下。
对于荷兰人的统治中枢热兰遮城（Zeelandia）的进攻更为艰难。这是一座坚固的堡垒，郑成功再次采取了围攻的战术。在长达九个月的围攻后，荷兰人派来的援军被击溃，热兰遮城的城防也被郑成功的炮火摧毁。在1662年2月1日，荷兰人当局向郑成功投降。这样台湾就成为了大明王朝名义上最后的领土。
郑成功的名声永远和夺得台湾的事业联系在了一起。但他未能看到自己的事业在台湾的延续。占领台湾后四个月，郑成功就死去了。他的儿子郑经承袭了他的基业和爵位，在厦门和金门于1663年沦陷后，郑氏舰队全面退往台湾。明朝宗室、宁靖王朱术桂（1617年—1683年）也随他前往台湾。虽然得知永历帝已经死去，但郑经没有再试图拥戴朱元璋的子孙为帝，而致力于将台湾建为海外的汉人独立王国。他的主要协助者包括刘国轩、冯锡范等将领，而最重要的就是后来深刻改变武术世界格局的谋略家陈永华（1634年—1680年）。