崔衍，左丞崔伦的儿子。继母李氏对崔衍不慈惠。崔衍做富平县尉时，崔伦出使到吐藩去，很长时间才回家，李氏穿着破衣服来见崔伦。崔伦问她怎么会这样，李氏声称：“从你出使吐蕃以后，崔衍就不供给衣食费用。”崔伦听后极为愤怒，召唤崔衍前来大加责骂，命令仆人把他推倒在地上，袒露他的上身，准备鞭打他。崔衍流着泪，始终不自行申辩。崔伦的弟弟崔殷，听说这种情况后赶紧前来，用身体遮蔽崔衍，木杖不能落下。崔殷随即大声说道：“崔衍每个月的俸钱都送到嫂嫂的手上，这些情况我知道，怎么还忍心说崔衍不供给衣食！”崔伦的怒气这才消解了。从此崔伦便不听李氏的谗言。到崔伦去世后，崔衍侍奉李氏更加恭谨。李氏所生的儿子崔..，常常借很多高利贷，却让债主拿着借据去找崔衍索取欠债款。崔衍每年都要为崔..偿还欠债，所以尽管他官做到了江州刺史，而妻子儿女的衣食用度没有宽裕过。
后来历任苏州、虢州二州刺史。虢州在陕州、华州之间，而赋税要比两州重好多倍。所收青苗钱，华州、陕州郊外亩产十成可拥有八成；而虢州郊外，常常要征收到十成里的七成。崔衍于是上书谈论这件事，当时裴延龄兼任度支，正极力聚敛钱财，便欺骗崔衍说前后的刺史都没有说到这点。崔衍又上书陈述本州民众困窘的情形道：“我所治理的地方多是山田，而且正当驿站传舍冲要之地，连年谷物欠收，民众流转离散严重。过去所定赋税数额，特望予以减免。我看到近来各郡谈论百姓中的事，都担心长官因循守旧，不为民众申诉请托，不务实，而不担心朝廷不予体恤解脱。只有因不说明真情而受谴责的，没有说明情况反而获罪的。陛下选拔为臣治理大郡，委派臣下抚恤疲困的民众，臣下所以不敢瞻前顾后而苟活自安，而敢于罄尽狂悖不明的见解，上书干犯圣上玉览。”皇上因崔衍言词事理恳切耿直，便特地敕命度支，命令他减少虢州的青苗钱。
转任宣州、歙州、池州观察使，政务简便，人们都很怀念他。他所选择的从事官员，多为名流。当时有地位的人对待宾客幕僚都很轻视傲慢，崔衍独加礼敬，他幕府中的人士，后来多显贵通达。贞元年间，天下人喜好进贡钱财以赢得君主的恩宠，因而极力征求聚敛，州郡都被搜刮殆尽，韦皋、刘赞、裴肃是其中为首的。刘赞死后崔衍代理了他的职务，崔衍虽然不能立即革除聚敛弊政，而他在宣州十年，很勤勉节俭，使得府库充盈。到穆赞代替崔衍为刺史时，宣州发生饥荒，于是拿出四十二万贯钱代缴了百姓的赋税，所以宣州人不至于四处流散。贞元二十一年(805)，诏命加官工部尚书。