郭药师，渤海铁州人。辽国快灭亡时，燕王耶律淳招募辽东饥民为兵，让他们向女真报仇怨，称为“怨军”，郭药师担任首领。第二年，有两营的“怨军”反叛，郭药师杀了反叛者罗青。都统萧干留两千人分为四营，以郭药师及张令徽、刘舜仁、甄五臣为将领。耶律淳在燕京称帝，改“怨军”为“常胜军”，提升郭药师为诸卫上将军、涿州留守。耶律淳死后，萧后掌权，萧干专横，辽人怀有二心。
宣和四年(1122)九月，郭药师率所部八千人献涿、易州投降宋朝，皇上下诏任命他为恩州观察使。宋军北伐，刘延庆同萧干在卢沟对阵，郭药师说：“萧干倾全力对抗我们，燕京一定空虚，选精骑兵去偷袭，燕京可得。”刘延庆派郭药师和几员将领率六千人，半夜渡河，兼程而行。天刚亮，甄五臣领五千骑兵夺取迎春门进城，大军随后赶到，郭药师下令招降燕人，把契丹等族人全杀死。郭药师派人告诉萧后，让她投降。萧后秘密下诏让萧干回来在三市迎战，郭药师失去战马，差点被活捉，于是败回宋营，他还被升为安远军承宣使。十二月，郭药师被任命为武泰军节度使。宣和五年正月，他又被加官为检校少保，同知燕山府。
诏命他入朝，徽宗对他十分尊敬有礼，赏给他府第和姬妾。在金明池戏水，让他观看，下令贵戚大臣互相设宴。又召他到后苑延春殿奏对，郭药师拜伏在殿下，哭着说：“我在辽国，听说赵皇如在天上，不想今日能看到您的龙颜。”皇上非常赞赏他，委他以守燕重任，他回答说“：愿效死力。”皇上又命令他捕取天祚帝而使燕人绝望，他脸色一变说：“天祚帝，是我的旧主，国破后逃走，我才投降。陛下派我去干别的事，我不敢推辞。若让我反旧主，我不能侍奉陛下了，希望把这件事交给别人去办。”于是泪如雨下。皇上认为他忠诚，解下自己穿的珠袍同二个金盆一起赏给他。郭药师出来，对他的部下说：“这不是我的功劳，全是你们的力量。”就剪开金盆分给大家。他被加官为检校少傅，回到燕山府。
萧干侵犯边境，郭药师在峰山攻破他的军队，活捉阿鲁太师，得到耶律德光尊号宝剑、涂金印，不久萧干被部下杀死。郭药师因功升为检校太傅。
起初，王安中为燕山知府，詹度和郭药师为同知，郭药师认为自己有兵权，想居于詹度之上。詹度声称诏旨所写有次序，郭药师不服从。加上常胜军横行，郭药师袒护他们，詹度不能控制，就报告给朝廷。朝廷怕他俩互相怀恨在心，就命令詹度同河间的蔡靖互换。蔡靖到后，对郭药师坦诚相待，郭药师也尊重蔡靖，郭药师稍有收敛，王安中只是巴结他，朝廷也一味顺从他，他所请求的事没有不允许的。精良的武器铠甲，大多被他派部下到别的地方贸易掉，换回些奇巧的东西送给权贵和宦官、侍从，于是赞扬他的话每天都能听到。郭药师在一路专权，增募兵士号称三十万，并且衣着不改左衽的习俗，朝中的议论认为这值得忧虑。朝廷立即任命他为太尉，召他入朝，他推辞不来。
皇上命令童贯巡视边境，暗中观察郭药师的动向，不然，就挟持他入朝。童贯到燕山，郭药师到易州去迎接，在帐下拜了两次，童贯躲避他，问“：你现在是太尉，相当于二府的官职，和我同等，为什么用这样的礼？”郭药师答：“太师，是父亲。药师只拜我父亲，怎知别的？”童贯很高兴。郭药师请童贯检阅军队，在没有人迹的远野，郭药师下马，在童贯面前把旗一挥，很快，四面山中铁骑兵同太阳相映，不知有多少。童贯一行人大惊失色。童贯回来对皇上说，郭药师定能抗敌，蔡攸也从中极力赞同这种看法。金国的贺天宁节使臣归国，送伴使看见郭药师的军队，他们在路上相遇，金国使臣勒马退避。士兵中有人持矛夺取金国使臣的羔羊，金人不敢抗争，接伴使上奏说郭药师威名远震，蔡攸更认为他可依靠，因此宋在内地不再做防备。多次有人告发他将谋反并得到他与金国串通的书信，宋廷还不醒悟。
宣和七年十二月，詹度说：“郭药师看东西的神态不同寻常，怀有异心，长着蜂眼鸟嘴，依仗自己受宠和有功，已萌生反谋，日益凶恶蛮横；现在听说他与金人交结，背叛朝廷，不久将制造祸乱，希望早做防备。”皇上才下诏派官追查核实，而金兵已南下攻破檀、蓟二州，到达玉田。蔡靖派郭药师、张令徽、刘舜仁率军抵御，当晚，张令徽逃回，蔡靖和部使者到郭药师那儿议事，郭药师想投降，蔡靖说“：我蔡靖誓死报国，这是什么话？”抽出佩刀要自刎，郭药师抱住他，并把他和使者都锁在家中。斡离不到达城郊，郭药师率军官迎接并拜见了他，就跟从斡离不南下。郭药师反叛的消息传来，皇上还隐瞒这事，商议封他为燕王，割地给他，让他世代守在那里，但已来不及。
斡离不到庆源，听说徽宗禅位，想回师，郭药师说：“南朝未必有防备，不如先往前行。”以后包围汴京，责问宋廷和索取宝器服玩都是郭药师倡导的。