段祺瑞信佛吃素，为人严肃刻板，不苟言笑，生活朴素，清廉如水，无积蓄房产，不抽、不喝、不嫖、不赌、不贪、不占，人称“六不总理”；一生酷爱围棋，资助过大批围棋手（包括吴清源），被称作“中国围棋的大后台”，还好打牌；段祺瑞喜用私人，刚愎自用，在军事上并无出色战功和理论，有非凡的组织才能，善于利用政治手腕和军事手腕维护自己的统治，因致电逼迫清帝退位、抵制袁世凯称帝和讨伐张勋复辟这三件事，有[1]“三造共和”的美誉。梁启超先生评价段祺瑞：“其人短处固所不免，然不顾一身利害，为国家勇于负责，举国中恐无人能比。”后人评论段祺瑞者甚多，有挺其者品质高尚，爱国有心。有骂其军阀习气，倾心权术，迷信武力。
民国十三年，冯玉祥发动北京政变，段祺瑞被推为中华民国临时政府执政。民国十五年，纵任军警屠杀爱国请愿学生上，造成“三一八”惨案，旋被冯玉祥赶下台。“三一八”惨案发生后，他随即赶到现场，向死者长跪不起，并决定终身食素，至死都没有违背这一决定。