在中世纪的欧洲，教会的权力达到了无以复加的地步。教会不仅是精神领域的统治中心，而且也要成为政治的中心，它的势力渗入到了社会生活的每一个角落。然而，随着教会的世俗化，它也陷入了自上而下的腐败之中，引起了人们普遍的不满。席卷欧洲的人文主义运动虽然触动了教会的权威，但尚不能从根本上动摇它。当人们对于教会自行改革感到失望时，宗教改革在人文主义的影响下势不可挡地爆发了。16世纪，最初在德国，接着在瑞士、英国、法国以及北欧诸国，掀起了一场声势浩大、震撼教廷的宗教改革运动，并且最终脱离了罗马教会，自行成立了新教，经过长时间的斗争还取得了合法的地位。在一定的意义上，我们可以把宗教改革看做是人文主义在宗教神学领域的延伸，而且其影响甚至比人文主义更大更深远。
英国科学史家丹皮尔说：“宗教改革家有三个主要目标。第一，整顿由于有人滥用罗马会议，由于许多僧侣们生活放荡而遭到破坏的教律。第二，按照先前遭到镇压的某些运动的方针改革教义，并返回原始的质朴状态。第三，放松教义的控制，准许个人在一定程度上可以自由地根据圣经做出自己的判断。”（注6：〔英〕丹皮尔：《科学史》，第169页，北京，商务印书馆，1979年。）宗教改革直接的要求是消解教会的权威，变奢侈教会为廉洁教会，而从哲学上看，其内在的要求则是由外在的权威返回个人的内心信仰。
基督教诉诸个人内心信仰的要求由来已久，实际上这原本就是基督教的根本精神，但是外在的偶像崇拜却逐渐流行起来，因为信徒们希望有实实在在的东西证明上帝在世间的存在。而教会为了追求排场大兴土木，大搞豪华奢侈的宗教仪式，也因其世俗化而背离了基督教的根本精神。曾经有一段时间人们疯狂地收集“圣物”，其中有圣徒的尸体、耶稣被钉上十字架后流下来的汗珠、童贞女圣玛利亚的乳汁，甚至有人收集有上帝创造亚当时剩下来的泥块，五花八门，无奇不有。然而，基督教毕竟是一种精神宗教，就其本质而言它必然会摆脱外在的东西而复归内心的信仰，而在黑格尔看来，这个由外在的东西返归内心信仰的过程早就开始了。当年十字军在宗教狂热的驱使下去拯救圣墓，当他们终于攻占了耶路撒冷之后，便试图打开圣墓，期望证明上帝在世间的存在，证明永恒而神圣的东西与有限的东西的结合。然而令他们大失所望的是，圣墓中空空如也。所以，基督教世界既夺回了圣地，又失去了圣地。但是黑格尔说，“它实际上是没有被欺；它带回来的结果是否定的一种：这就是说，它追求的世间生存只能够从主观的意识中寻求，不能从任何外在的对象中寻求；这里所说的那种确定的形式，表达着‘世俗的东西’和‘永恒的东西’的结合，就是个人的‘精神的东西’，自己认识的独立。人类世界便是这样获得了这种确信，知道人类必须在他自身内寻求那种属于神性的世间生存，主观性因此取得了绝对的认可，而在自己本身获得了对于神明的关系的决定。”（注7：黑格尔：《历史哲学》，第440—441页，北京，三联书店，1956年。）一句话，上帝并不在你之外，上帝就在你的内心之中。自觉地意识到这一点，正是宗教改革的功劳。于是，基督教世界当年在一个人的石墓里遍寻不到的东西，路德的宗教改革找到了，“他认为世间生存是在一切感官的和外在的东西的‘绝对观念性’的深处——是在‘精神’和‘心’之中——那颗心，它先前因为教会提出了最无聊和肤浅的手段，来满足最内在和深刻的欲求，受到了无从说起的创伤，它现在把绝对的真理关系被歪曲的地方，发觉得纤毫毕露，并且设法把这种歪曲彻底摧毁。路德简单的理论就是说，上帝的世间生存就是无限的主观性，也就是真实的精神性，就是基督并不显现在一种外在的形式里，而是根本属于精神的，只有同上帝和解后才能够得到——是在信仰和享受里”（注8：《历史哲学》，第461—462页。）。黑格尔的分析虽然不无牵强附会之嫌，但是他以思辨方式所概括的宗教改革精神无疑是有意义的。
在这一改革的浪潮中，以路德和加尔文的宗教改革最具代表性。
马丁·路德（Martin Luther，1483—1546）是德国人，1501年进入爱尔福特大学攻读法律，获硕士学位后突然遁入修道院研习神学。1507年，路德升任神父，1512年获神学博士学位，1515年任维滕贝格大学神学教授。1517年，他反对教皇以修建圣彼得大教堂为名在德国兜售赎罪券，在维滕贝格教堂大门上张贴了著名的《九十五条论纲》，由此揭开了宗教改革的序幕。教皇利用种种手段企图压制路德以及由路德在德国引发的反抗行为，而路德则在德国各阶层民众以及世俗诸侯的支持下，毅然与教廷决裂，继续发表了《致德意志基督教贵族公开书》、《教会的巴比伦之囚》、《论基督徒的自由》等论著。此外，路德还把圣经翻译成德语，不仅打击了天主教会的宗教垄断，而且对德语做出了杰出的贡献。德国农民战争爆发后，路德转而支持封建主镇压农民起义。
灵魂如何获救的问题是基督教的中心教义，也是路德宗教改革的核心问题。圣经中说：“义人必因信而得生”（注9：《新约·罗马人书》，1，17。）。路德据此认为，获救只凭人的信仰，与善功、教会的中介作用没有关系。在《基督徒的自由》一文中，路德全面、系统地阐述了他的“因信称义”学说。
路德认为，人具有双重的本性，一是心灵的本性，一是肉体的本性。就前者而言，人被叫做属灵的、内心的、新的人，是自由的。就后者而言，人被叫做属血肉的、外在的、旧的人，是受束缚的。人不可能靠外在的事功或苦修使灵魂得到拯救，“对于生命，对于释罪，对于基督徒的自由，有一样东西，并且只有一样东西是必需的，那就是上帝的最神圣的话，基督的福音”（注10：周辅成编：《西方伦理学名著选辑》上卷，第441页，商务印书馆，1964年。）。因此，只有信仰才是获救的必要条件。
不过，路德并非绝对否认事功。他指出：“我们凭信仰基督所要除去的，并非是‘事功’，而是对于‘事功’的迷信。是那种想凭‘事功’获得释罪的愚蠢想法。”（注11：《西方伦理学名著选辑》，上卷，第475页。）因为人同时也是外在的人，“肉体的意欲，努力要侍奉并追求它自己的满足，这是有信仰的灵魂所不能、也不愿容忍的”（注12：《西方伦理学名著选辑》，上卷，第458页。）。人必须通过事功来控制自己的行为，扬善避恶。但是，这只是信仰的结果罢了，就像好树结好果一样。因此，事功只需做到足以抑制情欲的程度就够了，童身、守贫等禁欲主义的戒律都是不必要的。1530年圣诞节，路德为他的小儿子写了一首马槽歌，其中唱道：谁若不爱美酒、女人和歌，他就终身是个大傻瓜。显示了一个新教徒令人耳目一新的朝气蓬勃的世俗生活。
中世纪教会力图垄断拯救灵魂的权力。它提出上帝不与有罪之人交往，人要获救必须借助教士的中介作用。教皇是上帝在人间的代理人，掌管着拯救灵魂的大权。教会甚至禁止一般基督徒阅读圣经，惟有教皇才有解释圣经的权力。它把以教皇为首的教界人士称为“属灵等级”，他们高于一般信徒组成的“世俗等级”。路德则认为，人与人之间的区别只在于信仰。只要受洗入教，心存信仰，人人都可以成为祭司，都属于“属灵等级”，都可享有与教皇、主教同等的权力。只有体现在基督身上的上帝的权威才是真正的权威，因此，只有记载基督言行的圣经才是永无谬误的。人人都有权阅读和解释圣经，并在其中与上帝交流。只是因为我们不能够都来作执事并当众宣教，才有了专职的人来主持圣礼和传道，他们是“执事、仆人和管家”，没有高于其他教徒的特权。
路德掀起的宗教改革通过让·加尔文（Jean Carvin，1509—1564）又得到了进一步的深化。
加尔文出生于法国的一个律师家庭。早年就学于巴黎，受到马丁·路德影响。由于法国政府对新教徒进行迫害，加尔文于1535年逃往瑞士巴塞尔，1536年发表其主要神学著作《基督教原理》，同年抵达日内瓦，参与该自由市的政权建设，不久成为该政权的实际领导。1538年因该市下层市民骚动而遭驱逐。1540年，该市上层市民再度得势并请加尔文返回日内瓦。从此，加尔文定居日内瓦，并在那里建立新教教会，取消主教制，代之以资产阶级共和式的长老制，并与日内瓦城市政权结成政教合一的体制。与路德一样，加尔文也宣称教徒“因信得救”。但他主要是重新推出奥古斯丁的“先定”说，发挥了路德思想的宿命论方面。
加尔文把宇宙中的一切都归之于上帝的永不更改的“先定”。上帝也预先安排好了对人的拯救。谁将得到拯救，谁将被遗弃，取决于上帝预先的拣选。这是上帝的恩典，是无条件的，秘而不宣的，并且不以人的善恶功罪为转移。况且“除非人受到神的恩典的帮助，而且是受到那赐给那在再生中的选民的特殊的神的恩典的帮助，否则，人就没有做善功的自由意志”（注13：《西方伦理学名著选辑》，上卷，第499页。）。由此，加尔文也像路德那样，否定了罗马教会的救赎理论，认为善功对人的来世生活没有什么影响，并不能使灵魂得到拯救，它只不过是教会用以牟利、勒索钱财的手段罢了。教皇、主教们并不能代表上帝，圣经才是信仰的惟一权威，人人都可以通过阅读和信仰圣经而直接与神相通。总之，个人的功德和教会的存在都不能改变上帝的先定。不过，虽然人们无法得知自己是否是上帝的选民，尘世的行为也不能改变上帝的“先定”，但人们也不应当放弃现世的努力，而是应当坚信自己是上帝的选民，积极求取事业上的成功。因为上帝对其拣选的选民，必然给予充分的支持。而个人只要在事业上取得成功，就是实现了上帝所赋予的先定使命，也就是死后灵魂可以得救的可靠证明。“加尔文的信条适合当时资产阶级中最勇敢的人的要求，他的先定学说，就是下面这一事实在宗教上的反映：在商业竞争的世界中，成功或失败不取决于个人的活动和才智，而取决于不受他支配的情况。起决定作用的不是一个人的意志或行动，而是未知的至高的经济力量的摆布。”（注14：《马克思恩格斯选集》，第三卷，第391页。）
无论是路德的“因信称义”学说，还是加尔文的“先定”学说，都从原始基督教和奥古斯丁的宗教理论汲取了丰富的思想内容，并在“复兴”古代神学的形式下，注入了时代的新内容。在理论上，他们不仅否定了教皇和罗马教会的至上权威，而且甚至否定了教会存在的必要。他们启迪人们的思考，肯定人们的世俗生活，肯定个人的权力、地位，争取个人的解放。可见，宗教改革与人文主义思潮是同一个时代精神在不同领域里的表现，甚至可以说，宗教改革是在人文主义的影响下发生的，是人文主义精神在宗教神学领域里的延伸。但从对天主教统治的瓦解和摧毁来说，宗教改革的作用却是人文主义所无法比拟的。这一点，从罗马教廷对待宗教改革和人文主义的不同态度就可以看得出来。宗教改革的矛头直接指向教会，因而它从一开始就遭到以罗马教会为首的天主教势力的反对、迫害和镇压。宗教改革的精神是新时代世俗精神的折光。虽然宗教改革并没有自己独立的哲学形态，但它对后世的社会发展和哲学发展所产生的影响却是不可低估的。许多史家甚至把路德、加尔文所代表的新教精神视为近代资产阶级进取精神的源泉。
不仅如此，宗教改革诉诸个人的内心信仰，在某种意义上为近代哲学之主体性的觉醒准备了条件。正如黑格尔所说，“按照这个信仰，人与上帝发生了关系，在这种关系中，人必须作为这个人出现、生存着：即是说，他的虔诚和他的得救的希望以及一切诸如此类的东西都要求他的心，他的灵魂在场。”（注15：黑格尔：《哲学史讲演录》，第三卷，第378页。）于是，永恒的东西或真理与有限的东西即个人的存在在“主观性”基础上得到了“和解”，因而宗教改革的根本内容就是：“人类靠自己是注定要变成自由的”（注16：黑格尔：《历史哲学》，第464页。）。
当然，宗教改革毕竟只是在信仰范围之内进行的改革。他们的宗教哲学思想依然有着神学的深刻印记，是新教神学的理论基础。路德、加尔文的宗教改革在本质上具有浓厚的反理性反科学色彩，甚至就连他们所标榜的宗教信仰自由，最终也被对异端的残酷镇压所淹没。哥白尼的日心说曾遭到路德的恶毒咒骂，而著名的西班牙人文主义者塞尔维特，在正要发现血液循环的时候，虽然逃离了罗马天主教会的监狱，却最终惨死在加尔文教的火刑架上。马克思曾经深刻地揭示了路德宗教改革的本质：“路德战胜了信神的奴役制，只是因为他用信仰的奴役制代替了它。他破除了对权威的信仰，却恢复了信仰的权威。他把僧侣变成了俗人，却又把俗人变成了僧侣。他把人从外在宗教解放出来，但又把宗教变成了人的内在世界。他把肉体从锁链中解放出来，但又给人的心灵套上了锁链。”（注17：《马克思恩格斯全集》，第1卷，第461页。）