哲学产生于问题，产生于希腊人对自然感到迷惑不解从而有了探索自然的冲动，产生于希腊人试图按照自然本身的样子而不是按照神话传说来看待自然的要求。
为什么希腊人在开始哲学思考的时候，首先以自然为认识的对象？
因为当希腊人开始哲学思考的时候，他们与自然还是一体的，认识自然也就是认识自己。从心理学的角度看，人类的认识活动是“由外而内”的：他先要认识外在的对象，然后才能把自己当作对象来认识。从认识论的角度看，认识需要有对象。人必须首先对象化自身，然后才能把自己当作对象来认识。另外，从朴素直观的立场看，人无论如何不过是自然万物中的一种存在物，因而古人从一开始就把自己看做是自然的一部分，所以通过认识自然来认识人自己，应该是合乎情理的。希腊人之所以把自然看做是大宇宙，把人看做是小宇宙，就是源于人与自然同质同构的道理。
由此可见，哲学产生于自然对人类来说成了问题。
亚里士多德曾经说过，求知是所有人的本性，人是由于好奇或惊异（thaumazein）而开始哲学思考的。在说明他的观点的时候，亚里士多德所举的例子都是自然的问题：“不论现在还是最初，人都是由于好奇而开始哲学思考，开始是对身边所不懂的东西感到奇怪，继而逐步前进，而对更重大的事情发生疑问，例如关于月象的变化，关于太阳和星辰的变化，以及万物的生成”（注8：亚里士多德：《形而上学》，《亚里士多德全集》第七卷，第31页。）。一个感到疑难和好奇的人便觉得自己无知，而一个为了摆脱无知而进行哲学思考的人显然不是以某种实用性为目的的，他为了知识而追求知识。因此，也许一切知识都比哲学更有用处，但是惟有哲学是真正自由的学问。在某种意义上说，当希腊人产生了“为什么”的疑问的时候，产生哲学的土壤就成熟了。一般说来，神话传说和宗教是不问为什么的，它们从来不需要合理的回答，它们本身就是一种自圆其说的对世界和自然的解释，我们不用问也不能问“为什么”。哲学和科学就不同了。
那么，希腊人最初问的“为什么”是什么？
当希腊人开始用理性的目光看待自然的时候，在他们的面前就出现了一个四季交替、草木枯荣的奇特景象。于是，希腊人便产生了一个奇怪的问题：为什么存在着的东西存在，而不是归于虚无呢？他们问的这个问题很奇怪，即使是在今天，我们绝大多数的人都不会问这样的问题。然而问题看起来很奇怪，但却并不意味着没有道理。希腊人之所以有此一问，是因为古人那种非常原始朴素的观念。我们都知道，万物有生必有死，因而存在着的东西一定会归于虚无。然而，四季交替，草木枯荣的自然景象却告诉我们，万物有生有死，但是万物聚合而成的自然却没有因为万物的生灭变化而毁灭，而是对我们表现为一种永恒的循环。这就让希腊人奇怪了：生灭变化的东西一定会变成没有，一切东西都没有了，自然本身也就没有了。既然四季交替，草木枯荣，说明在生灭变化的万物之中，存在着某种始终不变的东西，他们称这个东西为万物的“本原”。
于是，哲学的第一个概念就这样产生了。
按照亚里士多德的经典定义，所谓“本原”（arche）就是万物从它那里来，毁灭之后又回到它那里去，万物生灭变化，惟独它不变的东西。在希腊语中，arche有多种含义，其中最主要的有两个，一个是开端，一个是主宰，因此这个概念曾经被翻译为“始基”：既是开始又是基础。希腊人正是用这个概念来表达既是开端又是主宰的东西。按照希腊人的朴素观念，任何事物，如果开端随着发展消失不见了，这个事物也一定会消失不见的。反之，永恒存在的自然一定是循环的轮回，非如此不能解释自然的永恒性。这就是说，开端并不因为是开端就消失不见了，它仍然存在着，并且主宰着整个发展的过程。所以在希腊人看来，真正原始古老的开端也就是万物的主宰，这就是宇宙万物的本原。
那么，宇宙万物的本原是什么？当希腊人开始哲学思考的时候，世界和自然还没有被划分为本质与现象两个方面，自然就是自然，自然是一个整体。虽然如此，区别还是有的，否则就不是哲学了。这个区别就是自然对我们表现出来的“结果”，与造成这些结果的“原因”。哲学家不同于神学家的地方就在于，他们不是以想象和幻想的方式，而是以理性认识的方式看待自然的，因而他们试图以自然的东西说明自然，这就形成了希腊哲学的早期形态，即“自然哲学”，也被称之为“宇宙论”或“宇宙生成论”。所以，在哲学的第一个问题，即“本原”的问题中，其实包含着两个问题：一个是本原是什么的问题，一个生成的原因问题，亦即使自然万物运动变化的动力问题。对希腊人来说，哲学的工作就是发现自然中最古老的开端，亦即时间上在先的东西。人们曾经尝试过不同的解释：本原是水，本原是火，本原是气……希腊人认为，自然是由水、火、土、气四种元素组成的，哲学家的工作就是确定究竟哪一个是时间上在先的本原。
第一个提出并且试图回答本原问题的哲学家，是米利都学派的泰勒斯。
显然，哲学由日常生活中诞生，但是又不同于日常生活。哲学家所说的水、火、土、气，既是自然元素，又不完全是自然元素，而是哲学的概念。以哲学始祖泰勒斯为例。泰勒斯（Thales）是希腊七贤之一，希腊最早的哲学学派伊奥尼亚地区米利都学派的创始人，由于年代久远，生卒不详。当时希腊人对古人有一种推算年龄的术语，叫做“盛年”（akme），这个概念的原义是最高点、极盛期、开花的时期。在希腊人看来，一个人通常在40岁时应该出成果了，就像我们所说的“三十而立”。泰勒斯的盛年被定在公元前585年，因为据说他预言了这一年的日食。从柏拉图和亚里士多德的时代开始，人们就尊称泰勒斯为哲学的始祖，有两件传闻逸事表明他的确当之无愧。
一件事是有一天泰勒斯两眼向上专注于观察天象，不留神掉到了沟里，一位色雷斯女仆便嘲笑他连眼前的事都看不清楚，还想了解天上的事。另一件事是泰勒斯为了证明哲学家之所以贫穷并不是因为哲学无用，他根据自己的天文气象知识预感橄榄会大丰收，于是买下了所有的榨油作坊，结果获得了很大的利润。把这两件事联系在一起看，很有意思。从古至今的哲学家中有许多都是科学家，他们的智力水平超乎常人，他们都关注知识，但所关注的不是知识的实用性而是知识本身，他们寻求破解的不是具体事物的个别原因，而是所有事物的一般的共同原因。所以，他们骨子里是哲学家而不是科学家，也不是神学家。一说到眼前的事情，哲学家们往往显得笨拙迂腐，但要是一说起抽象思辨玄妙奥秘的事，他们便会滔滔不绝，那是他们的强项。如此说来，泰勒斯作为有记载以来第一个因为观察天象而掉进沟里的人，只此一项就可以被尊为哲学的始祖。
米利都学派有三位代表：泰勒斯、泰勒斯的学生阿那克西曼德（Anaximander，盛年约在公元前570年）和阿那克西曼德的学生阿那克西美尼（Anaximenes，盛年约在公元前546年）。实际上泰勒斯只留下了两句话，而且还是“据说”。一句话是“大地浮在水上”，一句话“宇宙充满了灵魂”。罗素对于一个初次学习哲学的人读到泰勒斯的话时可能出现的情形做了生动的描述：人们都把哲学看做是高深莫测的神圣殿堂，然而当他们读到泰勒斯的这两句话时，不免有些泄气，这两句话实在是毫无深刻含义可言。顺便说一句，读哲学史最好不看罗素的《西方哲学史》。一般说来，大哲学家写的哲学史往往受其哲学立场的限制，有太多的偏见，黑格尔算是个例外。因为黑格尔非常自觉地从哲学史而不是他自己的哲学出发来理解和论述哲学史的，这就使他成为了哲学史这门学科的创始人。
如果从字面上理解泰勒斯的这两句话，那么的确如此。然而我们必须记住，我们不能按照通常的方式来理解泰勒斯的这两句话。所谓“大地浮在水上”的意思是说水是万物的本原，虽然我们没有充分的证据认为泰勒斯已经使用本原这个概念了，一般说来，泰勒斯的学生阿那克西曼德被认为是第一个使用本原概念的哲学家。那么，泰勒斯为什么用“水”而不是其他自然元素表示本原呢？亚里士多德有一些猜测，例如水是生成、生长的生命元素，水神是诸神中最古老的神等等。我们知道，在世界各大文明中不仅水神都是最古老的神，而且都有大洪水的传说。当泰勒斯开始哲学思考的时候，他不可能完全摆脱宗教神话的影响，而且在某种意义上说，希腊神话也是哲学诞生的温床。按照希腊人的观念，人间的战争是诸神争吵的结果，而诸神包括宙斯也不得不服从命运的支配。这就是说，在人间战争与诸神争吵之间肯定存在着某种必然性的关系，但这种关系又不是直接的，不是肉眼能够看得见的，所以在宗教神话中这种必然性被归结为没有道理可讲的命运。于是在命运面前，宗教神话停步不前了，哲学家则开始了思考，他要寻求的是能够说得清道得明，而且合乎道理的原因。因此，泰勒斯所说的水，并不是日常生活中我们喝的水，而是一个哲学概念。我们说过，当希腊人最初开始哲学思考的时候，他们还没有一般性的普遍概念可用，只能使用日常生活中的感性事物来表示某种普遍一般的东西。对泰勒斯来说，水是一种自然元素而不是超自然的东西，而水的流动性、易变性、可塑性和生命原则等等，正是化生万物的本原应该具有的基本特征。
泰勒斯的另一句话是“宇宙充满了灵魂”，因为在他看来，灵魂是一种活动的能力。这就涉及到了自然哲学或宇宙论的另一个问题：万物周而复始，循环不已，究竟是由什么推动的？后来阿那克西美尼认为本原是“气”，实际上相当于把泰勒斯的这两个命题合而为一了：在希腊人那里，灵魂（psuche）的原义是“呼气”、“呼吸”。本原是气，是生命，或者灵魂，本原是活生生的有生命的，因而本原自身就包含着生成的动力。
泰勒斯用“水”来表示本原，体现了自然哲学家们的一个朴素的观念：本原是无定形的（apeiron），阿那克西曼德就称本原为“无定形”（apeiron）。我们说过，过去将apeiron译作“无限”实际上把这个概念“现代化”了。在希腊语中，apeiron是“没有”或“无”（a）“界限”、“规定”（peiras）的意思。万物从一个东西即本原产生出来，生灭变化之后又回归本原，因而自然原本是混沌（chaos），而后才分化万物，而本原变化万物但终归还要回归自身，所以本原是一切，但又什么都不是，这就是“无定形”的含义。
在这一派哲学家中，赫拉克利特的思想最具有代表性。
赫拉克利特（Heracleitos，盛年约在公元前504—公元前501）出生于米利都以北的另一座商业城邦爱非斯，在当时就有“晦涩哲学家”之称。赫拉克利特是他那个时代遗留残篇最多的哲学家，有一百三十多条，他在哲学史上的重要地位以及对后世的影响，由此可见一斑。
赫拉克利特宣称：“这个万物自同的宇宙，既不是任何神，也不是任何人所创造的，它过去是、现在是、将来也是一团永恒的活生生的火，按照一定的分寸燃烧，按照一定分寸熄灭。”（注9：《古希腊哲学》，第37—38页。）人们通常说赫拉克利特以火为宇宙万物的本原，或许说他以火来体现本原的流变性更为恰当。因为在希腊人的水、火、土、气四大元素中，火是最特殊的，它本身不是什么，而是其他元素的燃烧。所以，火这个概念与“无定形”一样，突出的是运动变化的永恒性。另外，虽然一切皆流，无物常住，一切都在变化，惟有变是不变的，但是变化也不是无迹可寻的，变化亦有一定的尺度，这个规范万物运动变化的尺度就是逻各斯。
在赫拉克利特哲学中，最富特色和深意的重要概念就是这个“逻各斯”。
“逻各斯”（logos）在古希腊语中本是一个源于动词lego（说）的普通名词，基本含义是言说、话语，据此而派生出道理、理由、理性、考虑、比例、规则等许多其他的含义。汉语由于难以找到与之相应的概念，因而通常音译为“逻各斯”，有时亦以老子的“道”译之。在赫拉克利特那里，逻各斯的含义很多，主要指万物必须依据和遵守的尺度或比例、普遍原则或必然性，相当于我们所说的“规律”。早期希腊自然哲学从朴素的辩证法出发，断定自然万物均处在运动变化之中。然而，如果一切都处在运动变化之中，知识就没有立足的依据。因此，赫拉克利特以逻各斯作为运动变化的尺度，亦即我们所说的规律，使知识有了确定性。逻各斯是西方哲学的一个重要概念，“逻辑”（logic）就是从它衍生出来的。《新约·约翰福音》一开篇就说“泰初有道”，“道”即逻各斯，所以又有“圣言”之说。
赫拉克利特哲学最显著的特色是朴素的辩证法，黑格尔称之为辩证法的奠基人，并且不无夸张地说：“没有一个赫拉克利特的命题，我没有纳入我的逻辑学中。”（注10：黑格尔：《哲学史讲演录》，第一卷，第295页，三联书店，1956年。）赫拉克利特有关辩证法的残篇很多，例如：“相反的力量造成和谐，就像弓与琴一样”、“生与死、醒与睡、少与老是同一的”、“向上的路和向下的路是同一条”、“人不能两次踏入同一条河流”、“我们踏入又不踏入同一条河流，我们存在又不存在”等等。（注11：参见《古希腊哲学》，第40—43页。）当然，这些辩证法思想毕竟是朴素的、直观的和单纯论断性的，而且具有相对主义的因素，这就为他的弟子克拉底鲁对其思想的片面发挥留下了余地，据说克拉底鲁宣称“人一次也不能踏入同一条河流”。另外，就“人不能两次踏入同一条河流”这一命题而论，赫拉克利特似乎主要关注的是河流的变化，然而实际上踏入流动的河流的人也一样处在运动变化之中，而这正是后来智者的思路。
然而，当哲学家们用“无定形”的本原来解释自然万物的流动和变化的时候，知识的问题却越来越突出了。赫拉克利特认识到自然惯于隐藏自己，他对于人们能否认识逻各斯没有把握。由于当时的哲学家都是通过经验观察来认识自然解释自然的，而且“无定形”的“混沌”更是认识的障碍，所以当哲学家们争论究竟什么是无定形的本原时，另一些哲学家则认为本原必须是“有定形”的，即有规定性的，他们崇尚的是秩序，即cosmos。cosmos作为天体的秩序，或有秩序的天体，后来演变成了“宇宙”这个概念。这一派哲学家以毕达哥拉斯学派和爱利亚学派为代表，正是他们哲学家扭转了哲学的方向，奠定了西方哲学的基础。