有些性功能障碍与医学状况有关，因此必须进行生理检查以排除生理原因。此外，对生理疾病如高血压和对精神障碍如抑郁症的药物治疗可能会导致性功能障碍，使用违禁药物也会产生此后果。
1.生物学因素
生物学状况可能会影响性欲。激素失衡，如可发生于任何年龄的甲状腺功能减退和性腺功能减退（Maurice，2005）通过降低体内性激素的分泌量来直接减少性兴趣。这些情况也可能引起负性情绪状态，进而间接地降低性欲。其他激素失衡与年龄有关。妇女更年期的变化使雌激素的分泌减少，这会影响阴道润滑和阴道组织的弹性，反过来又可能导致性交不适和性交疼痛。在男性中，睾酮的水平随年龄增长（在30多岁和40多岁）而降低。这些降低是如何降低性欲的，目前尚不清楚（Isidori et al.，2005），但睾酮水平的下降，可使性欲降低并引起勃起障碍。
生理疾病如心血管疾病、高血压、糖尿病、肾衰竭和癌症会造成性欲及性表现的降低。在接受糖尿病治疗的男性中，28%的人患有勃起障碍（Feldman et al.，1994）。男性经历前列腺癌手术后可能患上勃起障碍（Stanford et al.，2000）。另外，生理疾病因引起心理痛苦而间接损害性唤起，进而使性欲降低。
与男性一样，雄性激素有助于激起女性的性欲，尽管它们对女性性功能的具体作用尚不清楚（Brotto＆Klein，2007）。那些切除卵巢的女性雄激素水平较低，这会使其性欲降低。此外，盆腔手术、化疗、放射治疗与阴道干涩、性交疼痛和性欲低下有关（Amsterdam et al.，2006）。
酒精和药物能引起暂时的性功能障碍，包括男性的早泄、延迟射精和两性都存在的性高潮障碍。阻断多巴胺受体或5-羟色胺再摄取的药物可使射精延迟（Metz et al.，1997；Waldinger 2002）。抗抑郁药物，如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂（SSRIs）虽能改善情绪但却在性方面有显著的副作用（Ferguson，2001）。虽然这些药物可以提高心理性欲或性唤起，但会降低身体反应、抑制获得性高潮的能力并使男性延缓射精（见后面“治疗”中的“生物学治疗”）。
2.心理社会因素
负性情绪状态如抑郁与性功能障碍有关。存在抑郁情绪的大学女性比没有抑郁情绪的女性更可能报告存在性唤起困难、无法达到性高潮和性交疼痛的问题（e.g.，Cyranowski et al.，2004；Frolich＆Meston，2002）。此外，她们报告对性关系有较低的满意度，在性活动中较少体验到性快感。在40～70岁男性中，抑郁与勃起障碍呈现高相关，这一关系独立于衰老、健康状况、用药和激素等因素的影响（Araujo et al.，1998）。对于性欲低下是抑郁的结果还是原因以及两者关系对不同的人可能也意味不同。
行为理论家以及性治疗师（Masters＆Johnson，1970）认为焦虑和应激在性功能障碍中发挥了作用，如焦虑和早泄都与交感神经系统有关。对性表现的焦虑似乎可以是勃起障碍以及其他性功能障碍的一个重要原因。如果一个人因酒精、应激和焦虑而引起暂时性的性功能障碍，这种暂时性的问题可能引起个体关注，勃起障碍可能就会成为一个自我实现的预言。性理论家还认为早泄是由条件反射的经验造成的，如在匆忙的车震性接触中对快速射精的需要（见“完整故事：迈克尔”）、与妓女的性行为或与不太亲密的性伙伴的性接触（Metz et al.，1997）。虽然这种模式有时出现在男性早泄史中，但实证数据支持不多（Grenier＆Byers，2001）。
夫妇关系紧张或负性生活事件等因素会导致男女双方性功能的暂时性改变（Bancroft et al.，2003）。环境事件如性侵害可能会导致产生阴道痉挛（Weijmar Schultz＆Van de Wiel，2005）。这种功能障碍不会像衰老那样引起生物功能的永久性变化。