尽管行为遗传工具能得出基因是否影响一个特定的特质或疾病，但无法确认20000～25000个基因中的哪个基因与该疾病有关。因此，若想真正确定风险基因，需进行分子水平的研究。分子遗传学（molecular genetics）主要有三种研究方法：全基因组连锁分析、候选基因关联研究和一种称为全基因组关联研究的新技术（Slagboom＆Meulenbelt，2002；Wang et al.，2005）。全基因组连锁分析（genomewide linkage analysis）能使研究人员缩小基因研究的范围，即从整个基因组缩小到特定染色体的特定区域。进行一次连锁分析需要一个有多人患研究者所感兴趣疾病的大家族，或者是一个“患者-亲属同胞对”（亲属对都患有该疾病）的大样本。然后标记这些基因组，并找出不同于已知遗传性预期的模式。
在候选基因关联研究（candidate gene association study）中，将一个多人有某特定特质或疾病的大家族的某个或某些特定基因与一个与之相匹配但却没有该特质或疾病的群体的该特定基因进行比较。这种方法需预先选择一组或几组已知生物学特征的基因。例如，我们知道抑郁症可能和血清素有关，因此设计的候选基因研究要将患抑郁症的大样本中的一组或几组血清素系统基因（实验组）与没有患病但在其他方面与实验组相似的样本的该基因（对照组）进行对比。如果发现患病组中基因存在的变异更普遍，就可以用这一证据表明该基因可能与这一疾病有关。总的来说，候选基因研究法刚出现时是非常令人兴奋的，但其他研究小组常常无法重复验证其结果。出于这一原因，单个基因的候选基因研究法不再成为一个更好、更有效的研究方法。
全基因组关联研究（genomewide association study,GWAS）也需要使用大样本实验组和与之良好匹配的对照组。与一次只研究一组或几组基因的候选基因研究法不同，全基因组关联研究在同一研究中对散布在基因组中的成千上万可能的基因变异对进行关联性检测。这是全基因组关联研究的关键优势。候选基因研究需根据已知的生物学知识选择基因或基因组，但全基因组关联研究不需要，且进行基因组相对无偏搜索还能发现意想不到的新的基因关联。基因组关联研究已经开启了治疗许多疾病的前所未有的全新生物途径。
对莫妮卡基因的研究不能成为确诊抑郁症的通常临床评估的一部分。然而，某些研究者（通常在医学院工作）可能会从事遗传学和抑郁症关系的研究，那么像莫妮卡这样的患者如果想参加的话，就可能需要提供血液样本或口腔内侧刮片，而这些样本中都含有DNA。
小节回顾：
·我们可以从细胞或神经解剖学水平研究变态心理学，这些研究可以针对个体、群体或总体水平。
·从进化角度研究大脑时，从脑干（控制基础生物功能）到前脑（产生高级认知功能）的研究是理解精神疾病的有效途径。
·在细胞水平进行变态心理学研究的新技术包括：脑成像（拍摄大脑图像）、神经递质（细胞间传递电信号的化学物质）的功能及相互关系研究和分子遗传学（识别与临床症状相关联的基因）。
·家族研究、双生子研究和收养研究等行为遗传方法，使我们能深入理解行为特质和精神障碍如何在家族中遗传，以及哪种家族模式是由遗传或环境决定。
·候选基因关联研究、基因组连锁分析和全基因组关联研究能更直接地确定与实际行为特质和疾病相关联的基因区域或者基因。
应用题 如果进行一项家族研究，并发现患病者亲属患某种特定精神疾病的概率是对照的未患病者的亲属患病率的3倍，为什么还不能确定这种疾病的形成完全取决于遗传？