到目前为止，我们考虑的安全威胁都与无形的东西（如软件）有关，但是，我们不应该忽略系统的自然环境安全。网站需要空调，需要防火、防人（笨拙的人和罪犯）、防止电力故障和网络故障。
系统应该安全地锁起来。根据公司运作的规模，这可能是一个房间、一个机柜或者一个壁橱。不必访问机器房间的人员不要进入。未授权的人们可能有意或无意地拔掉电缆，或者使用一张可引导的磁盘尝试绕过安检机制。
火灾发生时的喷水装置也可能对电子设备造成极大损害，如同火灾一样。在过去，Halon（一种化学物质）灭火系统可用于避免这个问题。现在，在“消耗臭氧层的物质的蒙特利尔协议”的约束下，Halon已经禁止生产，因此新的灭火系统必须采用其他危害更小灭火物质，例如，氩气或者二氧化碳。要了解更详细的消息，请参阅如下网站：http://www.epa.gov/Ozone/snap/fire/qa.html
在许多地方，偶然的短暂电力故障是经常遇到的事实。在天气恶劣并且采用架空电线的地方，长时间的故障也可能经常发生。如果系统的持续运作很重要的话，应该购买一个不间断电源支持设备（UPS）。一个可以为一台机器供电10分钟的UPS价格低于200美元（美国）。如果考虑更长时间的故障，或者更多设备，花费可能会更昂贵一些。长时间的故障则需要一台发电机，以运行空调同时运行计算机。
与电力故障一样，几分钟或者几小时的网络故障是无法控制的，而且肯定会偶尔发生。如果网络至关重要，那么准备多个互联网服务商的连接就很有意义了。拥有两个连接将使成本更高，也意味着出现故障的时候，处理能力可能会降低，但是至少不会变得不可访问。
这些类型的问题就是将机器集中放置在一个专用场所的一些原因。尽管一个中型的公司可能不必使用能够运行多于几分钟的UPS，采用多个冗余的网络连接，以及配置灭火系统，但是一个容纳100台公司机器的场所绝对有必要采取这些措施。