既然鱼油来自鱼，提纯的鱼油还不稳定，那么吃鱼不是更直接、更有效吗？
在形形色色炒得火热的“保健品”中，鱼油可能是屈指可数有科学证据支持的一个。在过去的几十年中，学术界、工业界和主管部门争先恐后，从各个方面对鱼油进行了广泛的研究。在严肃的学术刊物上，有多达几十项的功能被探讨过。多数只是一些很初步的研究，将来能否被进一步证实还不好说。不过它对于心血管健康的好处，已经得到了比较广泛的认同。美国FDA虽然只认可了它的“有限健康宣示”，但其具体表述“有支持性但还不是结论性的证据”表明鱼油能够有利于心血管健康，是美国FDA的“有限健康宣示”中最为肯定的一种。鱼油的另一项“保健功能”——对于胎儿发育的影响，也在近年来得到了一些证据。美国的儿科医生一般会推荐孕妇适当补充鱼油。
鱼油的这些“保健功能”，一般认为来自于其中的欧米伽3-多不饱和脂肪酸，具体来说就是通常所说的EPA和DHA。“欧米伽3”是指组成油的脂肪酸分子中一类特定的结构，根据分子水平的生物学研究结果，它在细胞膜中所占的比例跟细胞的生命功能密切相关。
EPA和DHA的分子非常不稳定，在空气中很容易发生氧化而变质。所以，虽然食品工业一直致力于把EPA和DHA加到常规食品中，但是目前成功的例子还不多见。所以，胶囊依然是目前补充鱼油最常规的方式。
既然鱼油来自鱼，提纯的鱼油还不稳定，那么吃鱼不是更直接、更有效吗？答案是肯定的。在美国，作为“保健品”的鱼油之所以盛行，主要取决于两方面的原因。一是鱼油胶囊方便、便宜。经过加工储存的鱼肉味道很差，而鲜活的鱼又贵又麻烦，吃鱼油比吃鱼要便宜得多，也要方便得多。二是对鱼污染的担心。不管是野生的还是养殖的，不管是淡水的还是深海的，鱼都有被重金属（如汞）污染的危险。一般来说，这些重金属主要沉积在肉中，而鱼油中相对比较少。
从对健康的作用上说，吃鱼要比吃鱼油更好。除了鱼油之外，鱼还提供优质的蛋白质以及维生素、矿物质等微量元素。而且，其中的饱和脂肪酸很低，这对于心血管健康也是额外的好处。2007年公开发表了一项对11875人的调查，结果是其母在怀孕期间每周吃鱼340克以上的孩子，在后来的生理和智力各方面，都要优于母亲吃鱼少的那些孩子。2009年发表的另一项研究则比较了鱼和鱼油对怀孕的影响。怀孕妇女被分成四组，对照组不补充DHA，第二组每天补充300毫克，第三组每天吃600毫克，第四组则通过每周吃两次鱼或者其他高DHA的食品以实现平均每天获得300毫克DHA。这项研究用妊娠天数来衡量怀孕质量，结果是：与对照组相比，第三组孕妇的平均妊娠天数要多4天，而第四组则要多4.5天。也就是说，鱼或者其他食品中的300毫克DHA，作用与鱼油中的600毫克DHA相当。
科学家们还不清楚为什么鱼比提纯出来的鱼油要更好，一种推测是鱼中的鱼油和其他营养成分会发生协同作用而增强效果。不过，我们大可不必执著于为什么鱼比鱼油更好，知道这个事实就够了。根据这个结论，鱼油，应该是吃不起鱼或者嫌吃鱼太麻烦的一种无奈选择。
不过，在食品管理和推荐中通常是“安全优先”。基于对鱼中的汞等重金属污染的担心，美国FDA等机构一直对吃鱼持保守态度。美国FDA和EPA（美国环保局）在2004年发布的“海产品消费指南”中推荐，怀孕、计划怀孕和哺乳的妇女以及孩子每天的海产品食用量应该限制在50克以下，或者每周不超过两次，而每次不超过170克。
但是，这个推荐标准受到了许多批评。一个由十几位顶尖的产科和营养专家组成的小组（MNG），就认为这个推荐不合理。他们对公开发表的相关科学研究进行了汇总、审查和分析，认为孕产妇吃鱼带来的好处远远超过了潜在的汞污染带来的风险。最近，美国FDA起草了一份文件，采用一种新的方法对吃鱼给孕妇带来的益处和风险进行综合评估，评估结果是：当鱼的食用量增加的时候，汞的摄入量也随之增加，但是总体而言益处增加是主要的。这份文件的结论是“对于孕妇来说，吃鱼有99.9％的可能对于她们的孩子将来的语言发展有一定好处，而0.1％的可能有一定风险”。
对于我们中国人来说，吃鱼可能不算很麻烦，也并不比吃鱼油更贵。不管是对于心血管健康还是孕产妇营养，吃鱼都是比鱼油更好的选择。根据目前的研究分析，鱼的种类不是那么关键。一般而言，“肥”的鱼所含的鱼油多一些，比如沙丁鱼、鲤鱼、鲶鱼、比目鱼、青鱼、鳟鱼、金枪鱼、三文鱼等。需要注意的是，鱼的污染可能比美国更需要关注。一般来说，来源可靠的鱼，生长时间短的鱼，被污染的可能性就要小一些。