性相近也，习相远也。
——孔子
在将近200年的时间里，美国的国家奠基人、制宪元勋托马斯·杰弗逊的官方传记中都是这样记载的：这位哲学家、政治家、建筑师、总统、《独立宣言》的起草人、典雅的蒙蒂塞洛庄园的设计者娶了马莎·威尔斯为妻。杰弗逊和威尔斯生有六个子女，但只有两个女儿活了下来。据杰弗逊自己的记述，他的家族始于英国，父亲一脉来自威尔士，母亲一脉来自英格兰和爱尔兰。杰弗逊在自传里谈到家谱时补充说，读者应该将“他选择的信仰与成就”归功于家族谱系。
然而，即便是杰弗逊在世时，关于他的家庭除了人所共知的说法以外，也还有另外一个说法：除了马莎·威尔斯所生的儿女以外，杰弗逊还有其他的孩子。据说，在妻子去世后，杰弗逊就开始了和女奴萨莉·赫明斯长达38年的同居生活。萨莉·赫明斯的父亲是个白种人，母亲是个混血儿。杰弗逊在世时，媒体就报道过这个故事了。据说杰弗逊和赫明斯还生有一个儿子——托马斯·伍德森，但他在12岁时就被送到蒙蒂塞洛庄园了。还有人说，杰弗逊生的六个孩子都是由赫明斯在这个庄园里抚养成人的。
关于杰弗逊与赫明斯的关系，最让人信服的证据来自当时生活在蒙蒂塞洛庄园、后来以口述形式把故事传给后代的人。详尽的口述历史一代一代传了下来，尤其是在赫明斯的后代中更是如此，所有的一切都证实了杰弗逊是赫明斯孩子的父亲。甚至到了20世纪末期，与赫明斯素未谋面的远亲都讲述过类似的经历：父母曾经悄悄地对他们说，有一位最受崇敬的国父也是他们家族的奠基人之一。
一直到那个时候，还有些学者认为赫明斯孩子的父亲不是杰弗逊，而很可能是杰弗逊的外甥。但对于大多数人来说，官方的报道是最有分量的。法律学者兼历史学家安妮特·戈登里德认为，官方的报道之所以有分量，是因为历史学家喜欢用一条简单的原则来评判证据的真伪：白种人的话是可信的，奴隶的话是不可信的。
1997年，安妮特·戈登里德撰写的《托马斯·杰弗逊与萨莉·赫明斯：一场美国公众的辩论》一书出版了，这本书系统地从正反两个方面审视了杰弗逊和赫明斯的关系。作者的结论是杰弗逊和赫明斯确实有人们说的那种关系。许多批评家的反应是，安妮特·戈登里德的书是向这位最受爱戴的历史人物发起的人身攻击。其他人读过这本书后虽然非常难过，但也不去深究。普利策奖的获得者历史学教授戈登·S.伍德写道：
这种关于杰弗逊和他的黑人女奴之间亲密而充满爱情关系的观点，可以给我们的文化带来很大的力量和越来越多的信誉，因为它代表了许多美国人深深的渴望；也许还象征着我们的种族问题最终会得到解决。
希望他们两人的关系是真的……但希望永远不要成为历史事实。
两年以后，一个住在弗吉尼亚州夏洛茨维尔的退休病理学教授尤金·福斯特意识到借助新的遗传家谱学可以分析赫明斯和杰弗逊后代的Y染色体，分析结果可能会让人们更清楚地了解事实真相。于是，他搜集了四份样本：一份直接来自杰弗逊叔父的后代（这份Y染色体与杰弗逊的Y染色体应该是一样的，杰弗逊和威尔斯所生的直系后代都已不在人世）；第二份来自杰弗逊外甥（杰弗逊的姐姐所生）的男性后代；第三份来自萨莉·赫明斯的儿子埃斯顿·赫明斯的男性后人；第四份来自托马斯·伍德森（据说是杰弗逊和萨莉·赫明斯生的儿子）的男性后人。
福斯特发现埃斯顿·赫明斯后人的Y染色体与杰弗逊叔父后代的Y染色体是一致的，因为这是特别稀有的Y染色体。这就证实了萨莉·赫明斯的儿子是杰弗逊家的人所生。关于杰弗逊的外甥与赫明斯生孩子的古老传闻也被否定了，因为来自杰弗逊外甥后人的Y染色体与埃斯顿·赫明斯的染色体不匹配。
因为杰弗逊的Y染色体和当时去过蒙蒂塞洛庄园的杰弗逊男性亲属的Y染色体是一样的，所以无法直接证明托马斯·杰弗逊本人就是赫明斯孩子的父亲。但是，所有的一切都指向了托马斯·杰弗逊：不光是DNA证据，还有长久以来的传闻、详细的口述历史、杰弗逊给予赫明斯孩子的特殊待遇（不光是埃斯顿，还有他弟弟麦迪逊以及其他兄弟姐妹），另外还有对杰弗逊和其他男性访问庄园次数的仔细分析，也都说明了杰弗逊就是赫明斯孩子的生身父亲。
著名的遗传学家埃里克·兰德和历史学家约瑟夫·埃利斯写道，“举证责任明显地移向”否认杰弗逊和赫明斯有关系的那一边。托马斯·杰弗逊纪念堂基金会任命一个调查委员会调查此事，结果证明：“现在有最可靠的证据证明了托马斯·杰弗逊和萨莉·赫明斯的关系，很有可能导致了一个孩子或许是所有赫明斯的孩子的出生。”有些历史学家以前认为赫明斯的故事是个谜，但此时他们承认自己的判断是错误的。对于那些没有深入了解这些戏剧性事件的人来说，这个史诗般的涉及美国种族、权力和阶级的故事，以及其中出现的曲折变化都是值得颂扬的。人们普遍有种感觉，由于有了DNA，历史人物的真实情况再也不能隐藏在名望与谎言的墙壁背后了。
福斯特还检测了伍德森家族的Y染色体。伍德森家族有着很有影响力的口述历史，尤其是那段与杰弗逊和赫明斯有牵连的历史。他们确信，对于他们Y染色体的检测会证实他们就是杰弗逊和赫明斯的后代。早在1978年，在第一次伍德森家族的聚会中，他们就发现这个家族里从未谋面的成员中一直在流传着同样的故事。自19世纪初，在伍德森的后代中一直流传着杰弗逊就是伍德森的父亲这个说法。就连给他们进行DNA检测的尤金·福斯特都说，他预计DNA的检测结果会证实伍德森一家人的说法。托马斯·伍德森家族协会在他们的网站上也声明：托马斯·科尔宾·伍德森是“托马斯·杰弗逊和他的黑人女奴萨莉·赫明斯结合的后代”。
然而，福斯特的检测结果却不是这样。虽然Y染色体测试显示了托马斯·杰弗逊与埃斯顿·赫明斯的父系有关联，但却显示出伍德森家族不是杰弗逊的后代。
米歇尔·库利-奎尔的父亲罗伯特·库利三世，是美国第一位非洲裔联邦行政司法官。米歇尔还记得在她12岁时，她父亲就告诉她，她和她的两个兄弟是托马斯·杰弗逊的后代子孙。很多年以后，库利-奎尔告诉记者：“当得知我们的血管中流淌着托马斯·杰弗逊的血液时，我们都异常兴奋，激动万分。”
库利-奎尔的父亲说，她五代以前的祖父托马斯·伍德森是杰弗逊和萨莉·赫明斯生的第一个孩子。1998年，在接受采访时，库利-奎尔是约翰·霍普金斯公共卫生学院的心理学教授，也是托马斯·伍德森家族协会的成员，并且正怀着她的第一个孩子。她说她要把她的家族故事传给下一代，“具有家族感对一个人是很重要的，我认为我们低估了这种情感的重要性。这种情感让我们懂得了如何做人，如何积极地做人”。
当福斯特的Y染色体检测结果在《自然》杂志上公布以后，整个伍德森家族极为震惊，并且痛苦万分。据一位同这个家族有联系的生物人类学家斯隆·威廉斯所说，家族成员最初的反应是不相信，然后感到非常痛苦和纠结，因为家族里长期流传的故事与DNA检测结果有着天壤之别。威廉斯说，他们不理解口述历史怎么可能会出错。“他们的故事是那么的一致，而且来自不同的出处。这个家族不明白，如果事实果真如此，为什么托马斯·伍德森一定要说托马斯·杰弗逊是他的父亲，他什么也没有得到，而且还冒了很大的风险。”在一篇介绍他当时经历的文章里，威廉斯写道：“他们非常怀疑检测结果和实施检测的人员。”
这个家族的成员不但对检测结果很是吃惊，还对检测结果的公布方式非常气愤。福斯特曾向他们保证过，在公布结果之前一定先通知家族里的人，但是，在他们得知结果之前，这个消息就泄露给媒体了。托马斯·伍德森家族协会的会长罗伯特·戈尔登，是在《美国新闻与世界报道》给他致电，询问他对于DNA检测结果作何感想时，才听说了这个消息。
为了回应这个消息的发布和接踵而来的媒体攻击，托马斯·伍德森家族协会组成了一个调查委员会来调查这项检测。由于伍德森家族的一个成员——历史学家卡罗琳·穆尔，是斯隆·威廉斯的同事，因此她请威廉斯帮忙。穆尔的第一个请求是让威廉斯帮助这个家族了解一下遗传学。威廉斯预计要讲清楚这个问题，需要一顿午饭的时间，外加一两次电话。但是当他们见面之后，穆尔拿出厚厚的一本书——《伍德森家族溯源》，书中包括了所有与这个家族历史相关的文件副本。威廉斯这时才觉得在短时间内是完不成这个讲解任务了。
解释基因检测的基本知识和检测结果是否准确，需要很多步骤。在2000年，威廉斯参加了伍德森家族的会议，并同调查委员会的代表讨论了这件事。这个代表问她，是不是基因或染色体的突变才造成了这样的检测结果（答：这不是原因），而且对于Y染色体之间的差异解释得是否恰当（答：解释恰当）。据威廉斯所知，他们的主要目的是要了解对于检测结果有没有其他可能的解释。
但是，什么解释都不能使他们满意。威廉斯对他们说，托马斯·伍德森的两个大儿子的后代都具有一个相同的Y染色体，这说明这两个儿子也有这个染色体，那么他们两人的父亲托马斯·伍德森本人也应该有这个染色体。问题是这个染色体与杰弗逊的染色体不一样，这就说明伍德森不是杰弗逊所生。如果你认为伍德森肯定是杰弗逊所生，那么，对于伍德森的两个儿子共有一个Y染色体的唯一解释，就是他们实际上不是伍德森的儿子。莫非他们是伍德森的妻子从之前的婚姻带过来的？如果事实果真如此，那么，伍德森的后代既不能把杰弗逊，也不能把伍德森说成是自己的祖先了。
伍德森家族要求福斯特检测一下托马斯·伍德森小儿子后代的Y染色体，检测结果证实他的后代都有这个染色体，这就使现在所有伍德森的后代都陷入非常尴尬的境地。无论这个Y染色体是托马斯·伍德森的，还是别人的，它都绝对不是杰弗逊的Y染色体。
从第一代开始，伍德森家族出了很多天资聪颖、意志坚强、令人钦佩的领军人物。例如，其中有一位名叫路易斯·伍德森，是牧师，还是废奴主义者，曾被称为“黑人民族主义之父”。威廉斯写道：“伍德森家族为他们卓有成就的家族成员感到自豪是可以理解的。但是，他们现在失去了整个家族共享的、代代相传的口述历史，这就动摇了他们对家族所代表的素质和价值观的信任。”
到他们第二次举行家族会议的时候，有些家族成员开始勉强接受那个DNA检测结果了，但其他人还是拒绝接受这个结论。威廉斯写道，很多家族成员采取了家族学会会长的立场，坚持以前的信念。这位会长说，他不会忘记，所有来自美国各地的伍德森家族的后代在1978年举行的第一次会议中所讲述的同样的口述历史，因此他郑重声明：“我是很尊重DNA一类的研究的，但我对结果还是纳闷……这些研究根本改变不了我的信念。”
据威廉斯说，米歇尔·库利-奎尔坚决不接受这个检测结论。后来威廉斯又进行了一次独立的检测，结果与福斯特的检测结论还是一样。库利-奎尔的弟弟布赖恩·伍德森，怀疑DNA的检测结果是不是被人做了手脚，被篡改了。任何人在生育后代时，他们的遗传基因都有可能发生变异，以至于兄弟姐妹有的很相像，有的却长得很不一样。虽然麦迪逊·赫明斯和埃斯顿·赫明斯是同父同母的兄弟，年龄只相差三岁，但他们长得却不一样。埃斯顿移居到了威斯康星州，并改姓杰弗逊，从那时起就被认作是白人了。麦迪逊一家仍然留在俄亥俄州的乡村，据说他们也有些家庭成员“融入了白人社会”，但很多人仍然以黑人的身份留在了非洲裔美国人社会。布赖恩·伍德森说，唯一证明与杰弗逊有关联的是埃斯顿的后代，他们早已进入白人社会。布赖恩认为这是种族主义所致。然而，这个说法仍然使威廉斯感到很困惑，假如说埃斯顿·赫明斯一脉的男性后人被确认是杰弗逊的后代，那么这里暗含的意思就是麦迪逊一脉的男性后人也应该是杰弗逊的后代，虽然他们中的很多人仍然是黑人身份。
伍德森家族后来还找到了几个托马斯·伍德森长期生活过的庄园园主的后代。虽然伍德森的Y染色体不是杰弗逊的Y染色体，但是，很明显这个染色体是同欧洲人的血统特征有关系的。跟当时许多人一样，年轻的托马斯改姓了庄园主约翰·伍德森的姓。这个家族请威廉斯检测约翰·伍德森后人的Y染色体，她发现庄园主约翰·伍德森后代之间的Y染色体是一致的。但是，它与托马斯·伍德森家族的Y染色体不一致。后来，伍德森家族商量着能不能找到托马斯·伍德森和萨莉·赫明斯的墓地，目的是对他们遗骨的DNA进行检测，可惜没有找到墓地的准确地点。还有一位家族成员请一家遗传家谱公司给他的DNA进行了一次检测，并且请威廉斯帮他解释检测结果，结果与已知的结果也是一样的。
伍德森的故事是令人心痛的，因为一个面对逆境仍然取得了很大成就的家族，突然觉得被人从一个他们为之骄傲的群体中赶了出来，而且原本属于他们的历史突然变得与他们毫无关系了。当这个家族的成员处于生活中极为重要的时刻时，他们与杰弗逊的关联曾经给了他们很大的力量与激励。
赫明斯的两个儿子麦迪逊与埃斯顿，都是白种人与黑种人的混血。这两个家族后来的结局是不同的。对于他们来说，DNA检测给家族史提供的证明不是毫无意义的，而是令人欢欣鼓舞的。正如威廉斯所说，麦迪逊和埃斯顿的父系脉络改变了他们家族成员的生活，也为其他人提供了一个精确的模型，演示出了独立战争之后一些家族是如何演进的。在此之前，两个家族相互失去了联系，但是，当杰弗逊DNA的检测结果公之于众时，一个埃斯顿家族的白人女性后代朱莉娅·杰弗逊·韦斯特里内恩，同一个麦迪逊家族的黑人女性后代谢伊·班克斯杨相识了。从那以后，这两位托马斯·杰弗逊的白人和黑人女性后代在公开场合多次见面，畅谈她们互相接纳、互相学习的经历如何改变了她们对生活的体会。
当我们开始懂得如何从现代人体内的分子中揭示历史时，所得到的新知识很可能影响到我们对自身归属感的认知。当福斯特在分析杰弗逊的Y染色体时，遗传家谱学还是一门新生的科学，而且像索伦森分子家谱学基金会和Family Tree DNA公司等机构也处于发展的最初阶段。他们需要一个像福斯特那样的私人研究人员，虽然只有病理学背景，但却能设计实验，安排分析程序，解释检测结果。在不到15年的时间里，这门科学已经发展到任何普通人都可以通过检测自己的基因组去了解无形的家族历史的程度了。
这些检测使我们能够清清楚楚地追寻人类的历史，还能使我们在广阔的历史背景中确定个人的历史，这在遗传学上是前所未有的进步。然而，这种新信息的获得有时是需要付出代价的，因为无论出于何种原因，有些被检测者都会发现他们不希望看到的结果。阻止这种结果的办法或是终止这项研究，或是以立法的方式限制人们使用这种服务。
假如说对杰弗逊私生活的调查改变了历史，那么如果在此之前就终止了这项研究，一些相关人士的历史又将改写：一方面伍德森家族会继续保持他们祖辈遗传下来的名声；另一方面，所有麦迪逊和埃斯顿后代的身份就会继续处于不为人所知的境地。
尽管DNA在解读历史方面有很大的潜力，但仍有很多批评家以不容辩驳的语气大谈DNA的负面作用。人们确实对这个问题存在忧虑，大部分人的担心是出于对科技界的责任感。这种担心也使人感到一种渐渐逼近的威胁。
在2007年，一个科学家团队在《科学》杂志上发表了一篇文章，讨论对祖先检测应该采取什么政策。文章说：“遗传意义上的祖先检测具有严重后果，接受检测的人其个人身份有可能会改变，而且，如果检测结果出乎他们的预料，或是他们不想看到的结论，那他们可能会遭受感情上的折磨。”美国人类遗传协会一开始对这个问题还比较乐观，但在2010年，协会对这个问题公开表示关切，他们说：“无论是在公众社会还是在科技界，这个关于祖先的观念都容易被误解。”还有一篇发表在《英国医学杂志》上的文章说：“追寻遗传特征可以对不确定的问题给出答案，但是也可能引起更多新问题。”有些批评家认为凡是想了解自己基因组的人，他们的动机都有潜在的可疑之处。
生物人类学家乔纳森·马克斯对于人们早期对遗传数据的错误解释表示担忧：“由于受到遗传数据的影响，人们所发现的人或事物有可能并不存在，还有人把某种文化方面的假设强加在遗传数据上，误以为是遗传下来的模式。而且这些错误做法都是打着现代科学的旗号进行的。“1842年，一篇文章对白种人、非洲人和黑猩猩的头骨形状进行了带有种族主义的描述，文章说：“即便是身份和血统方面最权威的观点，科学界也不可能提供完美无瑕的追踪记录。”这倒是不言而喻的观点。
亚利桑那州立大学从事美国印第安人研究的副教授金·托尔贝尔说，研究基因组的技术，尤其是研究基因图谱的技术，是在17世纪种族科学的基础上产生的。基因图谱和遗传家谱公司则希望这门科学能有所不同——不是去验证种族主义者的分类标准，而是去证明种族不属于自然的范畴，而属于文化的范畴。但是在托尔贝尔看来，他们的这个希望“起码说明了他们的幼稚”。托尔贝尔还写道，声称人类起源于非洲的遗传学证据是“反种族主义”的观点，并没有那么简单，因为它将非洲人描绘成了原始的种群。
为了钱而研究生物学一直是萦绕在遗传研究和整个家谱学领域的一个怪影，科学家的初衷就是防止把生物学当作赚钱的手段。另外，也有些人滥用科学给人们留下了深深的恐惧，例如弗朗西斯·高尔顿、麦迪逊·格兰特、海因里希·希姆莱和阿道夫·希特勒。除此之外，还有人认为，人类遗传网络把我们都变成了种族主义者，或者在为我们潜在的种族主义进行辩护。我曾经同一位专门研究纳粹大屠杀的历史学家探讨过祖先遗传学问题，这位历史学家在20世纪90年代追捕了一些残存的纳粹分子。我跟他说我们的遗传密码中的微小符号可能能为我们的父母和祖父母的种族血统提供佐证，但他却说“纳粹分子一定非常喜欢这个理论”。纳粹分子肯定会利用这个观点的，但是，当时的社会形势最终让他们彻底失败了，连同他们千方百计想制定的、极不可靠的种族衡量标准，一起被扔进了历史的垃圾堆。对人类的脑容量进行比较的做法，如同为美的观念制定客观衡量标准一样，被证实是毫无意义的。遗传历史学家对DNA所做的研究是不能够预示一个人将来的相貌轮廓、思维方式，以及生活习惯的。DNA的密码符号只是历史记录，只是告诉我们某些人口群体曾经存在过，由于他们长期居住在一个地区，最终形成了共同的基因特征。
在20世纪90年代前期，卢吉·卢卡·卡瓦利-斯福扎建立了人类基因组多样性计划（HGDP），目的是通过从全世界几万人的DNA中取样的方式，来重建人类生物家谱和语言家谱。无论是对于人类基因科学，还是对遗传学家和历史学家几代人的创新研究，卡瓦利-斯福扎所作出的贡献都是不可低估的。早在20世纪60年代，他就计划通过研究血液中存在的特征来重现历史。他在2001年首次出版的畅销书《基因、民族和语言》概括地说明了他宏伟计划的轮廓，并对从人类历史中挖掘出来的基因和语言方面的痕迹进行了归纳。卡瓦利-斯福扎说，他的人类基因组多样性计划（HGDP）不但丰富了历史资料，而且还有医学效用。这项计划还阐释了纯粹的生物学意义上的种族是不存在的，这对于反种族主义还可能起到作用。