十月二十四日（戊午），福康安奏言：十一日清晨，臣见风势略平，强令放船，行未十数里，仍被逆风打回。至台湾情形，日来总未据常青、柴大纪、恒瑞等具奏，殊不可解。适有自鹿仔港放回船只，即传船户蔡顺利询问，据供：『闻得总兵普吉保于九月半前，亲自带兵前往诸罗。曾否打仗得胜，我不能知道』等语。据该船户所言，普吉保久已带兵前往诸罗，恒瑞若由盐水港并力进攻，收复鹿仔草，彼此声势联络，诸罗尚可无虞。查诸罗久被围困，屡次救援，皆未得手。臣再四酌筹，自应令柴大纪仍前固守，与恒瑞、普吉保内外应合，杀贼解围，仍未便轻委县城。奏入。
上命军机大臣传谕福康安、李侍尧曰：海洋风信顶阻，未能克期开驾，正是上苍默佑、天妃助灵，俾福康安得以等候新兵，扬帆同渡，未始非极好机会，朕方转愁为慰。福康安惟当益知敬感，切勿因放渡稽迟，稍存尤怨也。笨港距诸罗声息相闻，与盐水港相距三十里，兵势已为联络，是诸罗、盐水港两处，俱可无虞。且检查恒瑞前奏，盐水港有贼匪滋扰，系九月初四、五两日情形；而普吉保昨日奏到，克复笨港，系九月十六日之事。是盐水港一路，已壮声援，常青处自守有余，亦可无虑贼扰。至普吉保一路，既已得手，柴大纪等正可内外应合，并力会攻，所有前后寄信谕旨，俱庸毋给与阅看。再普吉保昨日奏到之折，是否由蚶江登岸，抑系由厦门转发，何以福康安未经相值，而李侍尧亦未得有信息？着李侍尧将普吉保此次奏折，系由何路驰递之处，便中查明具奏。此后，军营奏报，均应于递到何处，即由何处迅速转递，勿得因有此旨，拘泥令其转至厦门，以致耽搁，方为妥善。至此次福康安发折时尚在守风待渡，是由厦门至鹿仔港，系属顶风，而由台湾至内地，当系顺风，何以常青处亦未据有递到奏报？并着李侍尧一俟常青文报递到，即饬驿站加紧迅速驰递为要。
二十五日（己未），普吉保奏言：李化龙于八月二十五日进港，臣随将北路一带贼势及一切设备防御各情形，详细告知。而李化龙以曾经出师金川，即欲带兵前往；臣以李化龙甫经到港，一切地势情形未能深悉，自应在鹿仔港固守堵御。仍将各路留驻官兵，统交经理，臣得以长驱，可免返顾之虞。其原设各营盘，均关紧要，仍妥为安设，留兵五千六百余名，责令副将格绷额、穆腾额、参将福兰泰、把击裴起鳌、张会元、陈士份等，加意防范。所有添调粤兵三千名，自八月初六、二十二至九月初十日，始行陆续抵鹿仔港。内尚有兵船一只，配带兵丁七十九名，系把总郑廷斌管带，未经进口。臣一面酌带漳州兵二千名、广东兵二千名，又在陈兵内挑拨曾经打仗者一千五百名，并带领护理副将游击琢灵阿、参将张朝龙、游击海亮、夏承熙、叶有光、都司马元勋等，分饬管领。查署理番同知黄嘉训，于事颇为熟悉，总理粮务，随营办理一切。臣分派妥协，定期于本月初四日，亲率各官兵，本拟于东螺、西螺一带进攻，缘闻诸罗县城被贼围困，事至危急，臣即遣妥人密为侦探道路。若经由东螺西螺、进攻斗六门，贼匪不无设备，剿洗恐稽时日。今查笨港离县城二十余里，离盐水港三十里，虽系贼匪屯踞，若大兵由沿海一带猝然骤至，贼必丧胆溃乱，我兵乘势进攻，既可速解诸罗之危，而于克复笨港后，分拨官兵守御，粮饷、药铅等项，于海道运送，更为便益。臣一面带兵相机前进，一面密行知会柴大纪，由县城统兵接应，互相堵杀。务期打通道路，即可与将军常青等大兵会合，进攻大里杙一带贼巢。
同日，李化龙奏言：统领粤兵二千名，于二十五日到鹿仔港，随会商普吉保。乘此新兵锐气，臣即欲亲带官兵进剿，而普吉保留臣在鹿仔港驻镇，以固地方。臣因署提臣普吉保，既系统领闽、浙、粤官兵，则一切机宜，自应听其调度。业经禀请将军臣常青、参赞臣恒瑞，一俟派有大员前来经理，指示机宜，臣即统兵接应，分路进剿，痛歼渠逆。均奏入。
上命军机大臣传谕福康安、普吉保、李化龙曰：普吉保、李化龙二人，同系领兵大员，当此逆匪滋扰亟须剿捕之时，伊二人俱欲带领官兵亲往剿贼，均属奋勉可嘉！但普吉保在彼日久，于该处地势、贼情较为熟悉，伊以李化龙甫到鹿仔港，恐未能深悉该处情形，令其带兵驻守，普吉保亲统官兵督率前进，所办甚是。此次普吉保、李化龙奏到之折，系九月初四、初六等日拜发，而普吉保于九月十七日具奏克复笨港之折，已先行奏到，业经降旨将普吉保交部议叙，并赏给搬指荷包，以示奖励。至李化龙一抵鹿仔港，即向普吉保面询机宜，欲亲自带兵进剿，其急公勇往之心，亦什可嘉！李化龙著赏给大荷包一对、小荷包二对。该镇倍当奋勉，督率留驻官兵悉力堵御，俾普吉保长驱直入，可无后顾之忧。即日福康安前抵鹿仔港，兼有添派之广西、川、黔等省兵陆续齐集，军威壮盛，克期进剿，正在需人统领；李化龙当随福康安奋勇杀贼，克期立功自效。至普吉保称，若由沿海一带猝然前往，贼心闻风溃散之处，所见尤合机宜。不料普吉保意能如此。现在，普吉保已将笨港收复，歼戮贼匪、焚毁附近贼庄，而该处村庄民人一闻官军踵至，欢声动地，正可乘势攻剿。昨据该镇一面咨会柴大纪、恒瑞，定期三路夹攻，柴大纪、恒瑞自必督率将弁兵民内外应合，并力夹攻，可期集事。着即迅速驰奏。
二十六日（庚申），普吉保奏言：逆首林爽文率领伙党，又于二十二、二十四等日，在元长庄一带蜂拥前来，经臣亲督官兵，奋力杀退。贼众仍屯踞附近村庄，密遣妥人侦探得实，即于二十四夜分派官兵、乡勇，豫为埋伏。二十五日黎明，贼众由溪墘厝到云厝、土库、东庄等处，前来迫近营盘。臣亲率官兵奋勇直杀，枪炮打死贼匪甚多。游击海亮、都司马元勋，从白沙墩横冲贼阵，用连环枪炮打死贼匪一百余人。署副将琢灵阿、参将张朝龙、游击夏承熙，从无底潭环攻其背；署同知黄嘉训鼓励乡勇，从水磨庄堵御截杀。自卯至未，贼众大溃，共计枪炮轰毙贼匪数百名，夺获器械、贼旗多件。文武员弁，甚为奋勇出力。兵丁乡勇，亦有阵亡受伤者，现在查明分别赏恤。惟是贼匪经大败之后，仍于附近村庄啸聚，实为可恨，必得设法剿洗。臣若竟带兵丁前进，粮道后路最关紧要，是以叠禀参赞将军臣恒瑞、参赞提督臣柴大纪，三路夹攻，方易剿洗净尽。兹于二十五日接准恒瑞来札，知盐水港一带海口要道，贼匪不时出没，现在所带之兵，仅敷堵御，必俟续调府城之兵到日，方可前来。并接据柴大纪札称：『林爽文等贼，于本月十五、十六两日，复攻诸罗，败阵。闻官兵至笨港，该贼目带匪徒数千，团聚于大客庄』等语。是两处均有难以轻动之势。现在筹度机宜，多方密探，一俟机有可乘，即奋勇前进，痛加剿洗。又二林地方，为鹿仔港沿海一带门户，前经蓝元枚派拨官兵八百名，以资防守。旋因续到漳州之兵二千名，亦经蓝元枚分派二林，以备进攻斗六门调遣。缘原带漳州官兵，只有游击夏承熙、守备宋国兴二员，实不敷管带，适游击叶有光奉督臣李侍尧委令管押哨船来台，巡查洋面，蓝元枚见伊系同安人，语音与漳州相通，且为人遇事奋勉，是以饬令同带漳州官兵，驻札二林，即将原驻兵丁八百名撤回鹿仔港。九月初九日，臣督率官兵驻札二林，察看形势实为海口要道，且为我兵粮道后路，特令游击叶有光带兵八百名，暂驻二林。一面飞咨镇臣李化龙，将原设之兵来驻二林，更换叶有光之兵，俾得前进攻剿。兹于九月二十一日，突遇贼匪焚烧大城厝、菜寮等庄，来犯二林。游击率领官兵往前堵御，枪炮攻击，贼众败退。正在烧毁贼占之杨贤庄、铺心仔等处，不意贼匪突从竹围内冲出，统截后路，搅杀一处。游击督率官兵奋力冲杀，贼匪始行退散。阵亡千总汤国宝、把总曾超群、外委沉杨芳、兵丁三十三名，照例恤赏。
同日，李化龙奏言：自镇臣普吉保带领官兵起程进剿之后，即亲往各营盘察看地势情形，谆谕将备加意防范，并传集义民首林凑等，训示奖谕，令其保守村庄，协力堵御。第查现在贼匪注意专攻诸罗，正在乘机进击，以分贼势。随于九月十八日，密令游击穆腾额带领官兵，由番仔沟进至大肚溪一带，以作疑兵。臣亲率游击裴起鳌、署游击陈士份、守备徐大鹏带领弁兵、义民首许伯达等引道，由八卦山直抵柴坑仔。贼匪蚁聚拒敌；即令施放枪炮，贼始渐退。随焚毁草寮二十余间，贼人恃众竟复拥至。臣率领官兵向前戮杀，枪炮打死贼匪百余人，贼即奔逃。正欲追杀，因见该处竹林丛杂、沟圳甚多，未便轻进，暂且退军。生擒贼匪何华、欧倚二名，夺获鸟枪、刀械、贼旗等件。二十日亲率官兵、义民前赴中寮地方，审察地势，侦探贼踪，猝遇贼匪数百前来迎敌。随令施放枪炮，打死贼匪十余人，贼始退走。二十二日，闻大肚溪贼匪出扰庄民。臣随即带领官兵、义勇前往堵御，施放枪炮，自辰至午，打死贼匪约有二百余名，贼人纷纷溃败。夺获贼旗、皮牌、长枪、竹鋛、挑刀等件。义民内阵亡二名，加厚赏恤；受伤八名，给银两医治。至贼匪何华、欧倚二名，审系贼党，即在军前正法。均奏入。
上命军机大臣传谕福康安、李侍尧、普吉保、李化龙曰：笨港业经普吉保克复，屡败贼众，连日贼人不敢窥伺。而鹿仔港一路，又经李化龙在柴坑仔、中寮等处，乘间攻击，奋勇杀贼，贼人望风奔溃。是官军声势皆可联络，已为大振，足令贼人胆寒。此时，福康安自早得有顺风，扬帆径渡，俞抵鹿仔港。正值贼人屡经溃败之后，福康安惟当乘此好机会，督率将弁会合各路鼓勇直前；于初次打仗时，即将贼匪痛加歼戮，俾贼人闻风丧胆，无难一举扫擒。至普吉保在笨港一带，虽屡败贼众，但据奏贼匪仍在附近村庄啸聚，该镇带兵前进，其粮饷运道后路，最关紧要，仍应加意防范。又李化龙于柴坑仔、中寮等处，乘机进击以分贼势，固属奋勇；但鹿仔港系沿海重地，逼近贼巢，李化龙尤须随处留心、实力防守，不可但知锐意直前，转致附近贼匪潜出后路滋扰，此为最要。阵亡千总汤国宝、把总曾超群、外萎沉扬芳及兵丁三十三名，俱着咨部仪恤。
上又谕内阁曰：普吉保由鹿仔港进攻，督率弁兵奋勇杀贼，既已攻复笨港，今复能侦探贼踪，豫为埋伏，令将弁等从旁冲截贼队、从后环攻贼背，前后杀充贼匪数百余人，夺获器械等件甚多，实为奋勇可嘉！普古保已经交部议叙，着再赏给蟒袍一件，以示奖励。李化龙因普吉保带兵进攻，留驻鹿仔港防守，今能探察贼情，乘虚进击，奋勇攻剿，杀贼多人，夺获器械，贼匪望风奔溃。李化龙亦属奋勇可嘉！着交部议叙。所有此次普吉保、李化龙派出随同打仗杀贼之文武员弁等，均为出力，并着查报将军、咨部议叙，以示嘉奖。
同日，孙士毅奏言：召募新兵四千名，饬令入伍训练，并知会抚臣图萨布关支粮饷，务使各兵技艺娴熟，以收实用。万一军营现兵不敷搜剿，再须添调，臣愚似应新旧参用；于其中挑选材技出众者，赴台剿捕，较为得力。再查粤东赴台官兵，其子弟作为余丁随往者，共一千二百余人，军营遇有兵丁缺出，足资拔补。至此外续有应募，臣拟仍令各该营陆续登册，暂缓入伍，毋庸一概给以粮饷，以节糜费。
同日，图萨布奏言：黔兵二千名，现分四起行走，于十月初七、八、九、十等日，陆续到省。立即更换船只，将应给口粮各项照例给足，随到随行。谕令文武员弁，小心护送，昼夜趱行，沿途俱极安静，并未片刻停留。臣仍移咨惠州提臣高■〈王〈艹佘〉〉、驻潮督臣孙士毅，一体饬令沿途地方文武，加紧催趱，务期迅速赴闽。
同日，舒常奏言：湖南应备之兵二千，早经照数挑定，一回移知提臣俞金鳌，速赴镇筸接署镇篆，并令镇臣尹德禧先赴总路，查点带领，以专责成。查原派副将伊当阿，曾经出师西路金川，其余将备，多系曾经出师之员，均经飞饬作速起程。臣赴长沙会同抚臣浦霖，督办一切军行事宜，并分地查点督催，俾各起官兵安静、迅速出境，不致稍有延缓。所有枪炮、火药、铅弹等项，宽为豫备，饬派专员解送。
同日，何裕城奏言：川省委员先后押米二十万石，接续到境，经该地方官迎护尾催，于十月十二日全数出江西境。随飞咨安徽抚臣一体饬属趱催，星速前进。均奏入报闻。
二十七日（辛酉），常青奏言：八月二十七日，探得贼目庄大田复约首逆林爽文之弟林三，共纠匪众欲来犯郡。臣一面知会郡城弁员留心防范，一面派拨江宁将军永庆、侍卫乌什哈达、总兵梁朝桂等，于二十八日黎明，带领弁兵二千名前往迎击。方出营盘里伙，据报贼众已从中洲来犯大营东、南二面，并分伙党约二千人，先攻府城大南门、小南门外之桶盘栈。当经在城之司道等率领民兵，施放枪炮，打死贼三十余人，贼即由竹箐深处窜逸。其大营东、南两面，约有贼五千余人蜂拥而来，臣即亲自督率永庆、乌什哈达、梁朝桂等，奋勇进剿。贼人对放枪炮。满汉官兵排开队伍，子母连环枪炮叠发并施，自辰至午，贼人败逃。官军乘势追赶剿杀至七、八里，前抵大溪河边收兵回营。计共毙贼约二百余人，夺获大炮二门。官兵、义民割献新留发之首级十一颗，当即奖赏注册。官兵、义民并无伤损。至前次折内，闻贼目来投之语，彼时因有山猪毛义民首举人曾中立，差人赴道禀称：贼目许光来嘱令民人黄嵩到堆探问，如擒送庄大田，得免罪否？随谕以不但免罪，而且有功等语。以后，并未有投出之信。但臣具折时，未将贼目姓名各缘由声叙明悉，实属疏忽。
同日，恒瑞奏言：李侍尧所派三千名，尚未到齐。现在盐水港附近村庄，俱有贼人屯聚，贼中火药、粮食甚多，难以前进。且于附近左右藏匿，明系欲俟官军前进，将后路截断。又贼匪于民人所种粮食，十分中抽取二、三分，其附贼民人，骤难解散；即安分之民，亦多心怀两端。均奏入。
上命军机大臣传谕福康安、常青、柴大纪曰：前曾有旨，以常青自驻守府城以来，未能前进尺寸，伊究系年老留于军营无益，而恒瑞年力正壮尚可以资驱策，是以令福康安到彼察看，将恒瑞留彼听候调遣，令常青即行回京。今日阅伊二人奏到各折，因思常青在府城驻守虽未能前进，但一切调度尚俱妥协；又闻知诸罗、盐水港两处被贼滋扰，先后派兵接应；且伊在府城亦经屡次与贼打仗，是常青虽属年老，尚能料理军务。且福康安到鹿仔港后，由北路统兵进剿，其南路及府城一带，亦须有大员驻札督办。常青在彼日久，于该处情形较为熟悉，应仍令其留驻府城督率剿捕。至恒瑞在盐水港被贼拦阻，一筹莫展，转于折内将贼匪情形张大其词，茫无主见，似此怯懦无能，即留于军营亦属无益，着福康安于鄂辉到后，即传旨将恒瑞解任，令其自备资斧来京候旨。其福州将军员缺，即着鄂辉调补，令其统领恒瑞原带弁兵，协力剿捕盐水港一带贼匪，接应诸罗。至常青此次覆奏之折，既得有福康安到彼督办之信，该处兵民闻知，如何踊跃振奋，其贼匪闻有大军将到，情形若何？俱应于折内详晰声叙，乃并无一字奏及。且常青自经委任，不能稍着功绩，今闻简派福康安前往接办，亦应将伊在彼半年毫无出力、愧悚难安，而于彼处情形自为熟谙，情愿留于该处随同剿贼、以赎前愆之处于折内叙及，乃亦竟无一语。着常青自行明白回奏。恒瑞既知贼人于附近处所潜匿，欲图乘间邀截，正应督率官兵将盐水港附近、左右藏匿贼匪，奋力搜捕，以清肘腋，岂有坐待之理？即如福康安现在统兵到彼，沿途遇有贼匪，自即随处剿杀，亦断无因虑贼匪潜截后路，遂按兵不动。乃恒瑞惟知坐守，漫无筹画，伊究竟在彼所办何事？岂竟思与贼相持，待其自毙？又将欲效魏大斌之到诸罗，徒糜廪给耶？着福康安严加诘讯，据实具奏。至常青所奏贼目许光来嘱令民人探问，擒送庄大田是否得以免罪一节，常青谕以不但无罪，且可有功，其措词尚为得当。台湾贼匪本属一时乌合，其附从伙党见逆首尚在负嵎抗拒，自未必肯将贼首、贼目即行擒献。即日大兵云集，四路攻剿，贼首等势穷力蹙，退无所归，此等啸聚匪徒，岂真有恩信相结；其附贼伙匪一 见官兵势盛，逆首指日就擒，或希图自谋生路，竟将贼首、贼目擒缚献出，乃事理之必有。着福康安于进剿时，即行广为晓谕，使胁从之徒自相解体，彼此猜疑，则贼匪乌合之众，可期不致自散。又，现在贼匪四出滋扰，迫胁村庄民人，抽分粮食，村民等畏其戕害，自不得不勉强听从。将来福康安统兵进剿，于所过地方，尤应妥为安抚。再，前此谕令柴大纪，如诸罗守御力实难支，不妨带兵杀出县城，另图进取；乃系因彼时诸罗被贼滋扰，情形较为紧急，各路援兵未能即至，而柴大纪系提督大员，稍有疏虞，殊为不值，是以曲加轸念。今普吉保已带兵克复笨港，与诸罗相距止二十并，声势联络，兵气已振；而柴大纪在彼堵御屡经杀贼，是诸罗保守无虞已逾半载，此时岂可转委之而去。且诸罗义民委之于贼，亦什可悯。所有前降谕旨，即可毋庸给与阅看，乃常青已差人賫送前往，殊属失之拘泥。但柴大纪素有谋略，固守诸罗已经数月，当贼匪猖獗之时，尚能悉力堵御，奋勇杀贼，况今贼势日衰，伊接奉前旨，自断不肯委垂成之功而去，惟当倍加奋勉会剿奏绩。
二十八日（壬戌），徐嗣曾奏言：台湾自用兵以来，车运军装夫脚并给发义勇口粮，在在需用钱文，以致钱价昂贵，即内地亦有日增之势。恐将来逐渐增昂，于民用、官需均有滞碍，不可不急筹调剂。闽省宝福局鼓铸钱文，岁额祗四万三千余串，仅敷搭放。且云南买铜转运稽迟，赶紧加铸亦属缓不济急。与督臣商酌，拟从邻省拨济，以平市价。但思陆路脚价浩繁，转滋糜费，惟查川米五十万，现由江苏上海转运，莫如即于米船内附搭来闽，较为妥便。仰恳敕下浙江、江苏抚军，每省各备钱十余万串，附搭米船解闽。江苏钱文，即于浒墅、太平等关税银内扣拨归款；浙江钱文，即于现发饷银内扣抵，一并拨至上海转运。所需运费，均由江、浙二省核销。闽省得此接济，则制钱各处流通，于军需、民用大有裨益。但江、浙现在市价情形，难以悬拟，所请每省十余万之数，或仍听江、浙抚臣酌量增减，毋致此盈彼绌。奏入。
上命军机大臣传谕李世杰、闵鹗元、琅玕、徐嗣曾曰：闽省办理剿捕事宜，一切运送军装夫价以及给发口粮，需用钱文较多，以致钱价昂贵，自应邻当拨济，以平市价。但江、浙两省现在钱价是否平减？局铜是否敷用？若因协拨闽省，以致该二省钱价增昂，局铜不敷，亦多未便。着李世杰、闵鹗元、琅玕，即行妥为筹酌。如该二省能照数协拨，固属甚善，即各备钱十余万串解闽；否则，减半拨济亦无不可。所有协拨钱文，即着附搭米船，一并至上海，转运闽省备用。
二十九日（癸亥），李侍尧奏言：普吉保往笨港时，军装、粮饷俱在元长庄大营，有贼乘虚来犯，经同知黄嘉训及游击夏承熙杀退。又，九月十二日，有虎仔坑贼首陈泮，带领四、五千贼伙下山来扰，经副将格绷额督率官兵义民，奋勇杀退。是贼觇知普吉保进兵，又思乘虚从后路来袭，一则扰普吉保之粮饷，一则扰埔心庄营盘，以图牵制。则鹿仔港正需要接济，而本月十四日风势已平，将军、参赞及粤兵俱由大担放洋。如风信平顺，不过两、三日即可抵鹿仔港。适川省屯练第一起，已于十六日到蚶，是以臣即自厦星赴蚶江，料理配渡；现皆随到即登舟配渡。又查恒瑞、普吉保既已定期夹攻，普吉保所驻之元长庄离诸罗仅二十里，恒瑞所驻之盐水港离诸罗亦仅四十里，两路齐进，计此时必与柴大纪会合。而将军、参赞、巴图鲁侍卫等及粤兵三千，又齐抵鹿仔港，川兵随后继进。黔兵到来，臣亦当料理速发。奏入。
上命军机大臣传谕福康安、常青、李侍尧曰：福康安同海兰察及巴图鲁侍卫章京等，于十四日俱由大担放洋，不过两、三日可抵鹿仔港。计到彼后，今已及旬余，自已督率将弁乘锐进剿。至虎仔坑贼首陈泮，觇知普吉保进兵，又思乘虚潜出绕截，甚属可恨。料此等贼匪罪恶贯盈，久为天理所不容，此时大兵云集，四路攻围，断不能苟延残喘。贼匪等肆逆不法，罪不容诛，其逆首林爽文及庄大田、陈泮、吴领等，必须生擒解京，尽法处治，方足以泄神人之恨。着福康安于统兵进剿时，如逆首等胆敢亲出抗拒，被官兵临阵歼戮，固亦足以伸国法，然究不若按名生致，处以极刑，方可彰宪典而快众忿。福康安务须豫为布置，设法筹办，俾渠魁首恶悉数生擒，更为妥善，朕心方惬也。副将格绷额于贼首陈泮带领贼伙下山滋扰时，督率兵民将贼匪杀退，甚属奋勇。前因出有温州镇总兵一缺，谕令福康安于带兵出力之副将内，如徐鼎士、谢廷选等保举一员，奏明升补；着将格绷额亦归出力副将内一并察看、比较，何人最为奋勇，即行奏明补用，以示鼓励。