七日十七日（壬午），孙士毅奏言：粤省先调兵丁二千名，已于六月中旬陆续抵厦，此时应已全数到台。至续调二千名内：督标及增城惠来营一千名，七月初五、六等日，即可出境；右翼镇标一千名，距潮较远，七月二十日外亦可点送赴闽。所有现在添调二千名，因计期稍后，臣尤加紧飞调。并于营分略近者，量为抽拨足数，计程月杪、月初，亦可由黄冈出境。一切军装、器械及铅弹、火药，并裹带一月口粮，臣前此恐闽省军营续有征调，俱预为密饬部署；一俟檄调文到，各该营均可即日起程。左翼镇李化龙，曾经出师金川，派委统领。其余带兵将弁，俱挑选谙练勇往，并有曾经打仗者。至驻防兵一千五百名，想日内存泰、博清额会同图萨布挑选停妥，不日即可启行。臣仍一面星飞咨会，一面派员驰往前途，弹压到潮，毋许稍有滋事。再，近年外洋商船，均系以货易货，其新到洋钱比前较少，愚民无知，竟与纹银一样行使，是以市价稍昂。现在军营需用孔亟，自未便较论成色多寡，致有迟误。经抚臣在省迅速赶办，得有数万两，先行起解。因思上年清查仓谷案内，有潮属州、县征出谷价银二十余万两，提贮藩库，内洋钱居多。现与抚臣札商，将此项洋钱凑足四十万两，委员分起解送赴闽，即可应用无误。奏入。
上命军机大臣传谕孙士毅曰：孙士毅添派征兵、催■〈走赞〉赴台，所办甚为迅速，实属可嘉！昨又降旨令于粤东挑拨兵一千名，速行派赴闽省应用。该督务须妥协派往，愈速愈妙。又据称拨银易换洋钱通融，如数拨解，所办亦属妥协。至孙士毅现在驻扎潮州，且因照料官兵出境，驰赴黄冈，该处与闽省较近，声息相通，现在台湾剿贼情形，该督自必有所闻知，并着得有何信，即行随时速奏。
十八日（癸未），李侍尧奏言：闽兵二千，已于前月十九、二十等日，俱到台郡。粤兵先来之二千名，于前月二十四、五等日放洋，计目下应亦到齐。至分兵二千前往蓝元枚军前之处，若论道里，则浙省满兵到泉州，即可由蚶江配渡；但该提督系汉人参赞，而永庆系满洲将军，同在一处，恐不得臂指相使之用。臣拟令永庆带满兵赴常青处，俟粤兵来时，分拨二千往鹿仔港，似觉两处俱呼应得灵，较为有益。惟是该提督昨寄来折稿，亦有请添闽、粤兵五千之奏，今增兵二千，似尚不敷所请之数。臣前奏明漳州镇兵独未调用，因札询该提督去后，兹于本月初四日接据札称：『漳镇兵内和平、漳浦二营，难保无会匪在内；其诏安、云霄二营兵，最为勇健得用；镇标中、右二营及城守、同安二营，亦俱可得力，保无他虞。倘得此等兵五千，不独可以御贼，即相机进剿，似亦不难』等语。该提督系本地人，自必确有所见；是以，臣即照伊所指营分咨会常泰，并密令挑取有家眷之兵二千名，克日前往，以资应用。查南路贼匪既多，若俟常青由南而北，正需时日。今该提督增此闽、粤兵四千，不必俟常青南来会合，即可进捣贼巢，庶剿灭逆匪较得迅速。再，逆匪林爽文之母自缢及其父搬入内山之信，五月初间，据同知杨绍裘禀，曾有此语，并谓系三月中事。臣随访之内地文武各官，则称二月初间已有此传闻。是此信恐未必确，是以臣未敢率行入告。但今贼势日益蔓延，则无论此事未真，即果属实，而该匪行同枭獍，其父母已不足系其心。惟有解散其党羽，痛歼渠魁，始可蒇事。至于江、浙数省拨运米石之外，又令川省拨米二十万石前来接济，尤属臣等意计所不到。现在漳泉一带天气久晴，晚禾尚未栽插，将来必需平粜；川米到时，正资应用。臣现在先行传播，非惟人心俱有所恃，而山陬海澨得闻此信，无不感戴圣主顾复之恩。再台地向无马匹，历来驻班官员各自带马一、二匹载往，以资乘骑。缘海船舱底甚深，马匹不能上下，仅可于篷板底每船附载三、四匹，一遇风浪，尚多惊跳不宁；是以载往甚难。所有节次调往征兵，非特绿营马兵俱属步行，即恒瑞带往满兵，亦照军需例折给。此次增调浙、粤二省驻防满兵，应亦照此 办理。惟满汉官员，似不可无马。昨据粤省领兵之总兵梁朝桂等，咨请两广督臣酌拨马数十匹，以资将备乘骑；现准孙士毅分解前来。今又增调多兵，则将备需用又多，应请满汉各员，三品以上准带马二匹；五品以上准带马一匹。其骁骑校千总以下，概不准带马，以省装运之艰。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、柴大纪曰：常青处已节次指示机宜，谕令舍南趋北。今又有续到闽、粤兵四千名，兵力更为厚集，正当及锋而用。若分投堵御、零星打仗，何日始能进剿？且绿营怯懦习气，动称贼有万余及数十万，试思贼匪虽到处逼胁，亦不过台湾地方一处民人，况又未必尽皆从贼，又何至各处贼匪动有数万？若果如此之多，又何所得食，岂贼人亦有钱粮散给之耶？此乃事理之显而易见者。该将军等岂可坐待株守，以一兵御一贼之理？蓝元枚处，现在已据李侍尧派拨漳州兵二千，其续调粤省兵二千，亦当陆续前赴鹿仔港。该参赞亦当令普吉保留守鹿仔港，亲自领兵由北而南，与常青、柴大纪会合一处，使我兵声势联络，军威壮盛。不可徒为所牵缀，以致师老力疲，坐失事机。再据李侍尧奏，贼势日益蔓延，必须南北并举，以期军务早竣。此等贼匪，不过乌合之众，总因官兵与贼相持，旷日持久，转与贼人以暇，以致处处牵掣我兵。若办理得其要领，贼匪焉能日聚日多，肆行屯聚？且该督称贼匪蔓延之语，亦系绿营恇怯讹传；从何而得？所指何处？并着李侍尧据实覆奏。
同日，何裕城奏言：准福建抚臣徐嗣曾札称：『台湾军营需用火药，虽已于浙江、广东二省调拨协济，但有续调官兵，必须宽为筹备。江西省是否现有存贮火药堪以拨济』？等因。查军营火药甚关紧要，臣已在各营额备火药内酌提六万筋，装贮完固。臣诣局点验，派委员弁领解；即于七月初十日自省城接续起程，由陆路入闽省之崇安县解送前进。一面札覆徐嗣曾，并飞咨闽省总督臣李侍尧派员接收，交局应用。奏入，报闻。
二十日（乙酉），常青、恒瑞同奏言：据现驻盐水港之游击杨起麟禀称：『十七日，魏大斌等带兵至盐水港。因盐水港兵单，留都司罗光炤带兵五百名在港防御，魏大斌即带兵前往诸罗一带剿捕』。据魏大斌来禀：『领兵于十七日到盐水港，贼匪暂退，即到鹿仔草扎营。于十八日，同副将詹殿擢、游击邱能成、武举陈宗器等，带领官兵、义民至埔心、大仑等庄与贼打仗，自巳至未，枪炮打死贼匪不计其数。讵料四面贼庄群起蜂拥，竟有万余将前后队官兵围住。官兵施放连环枪炮，奋勇抵敌，至申刻杀出重围，收回鹿仔草营盘。乞迅拨员弁领兵赴援会剿。是日，阵亡把总麦逢春、武承烈、刘联升、额外外委包定邦四员，兵丁六十六名；受伤游击邱能成、守备蔡国忠二员，兵丁十一名；未知存亡千总黄殿臣、把总陈世栋、陈彪三员，兵丁二百二十一名；阵亡义民四名』。各等情。查鹿仔草距诸罗二十五里，该镇等自应预先通知柴大纪内外应合，则攻打较易，何至多损弁兵？而军火器械，又未声明，料所失亦复不少。但柴大纪等，自初十日会禀请援之后，至今尚无文报，则现在贼势充斥，阻隔音信，自属实情，急需添兵前往。臣等当派拨游击田蓝玉带兵一千名，即于二十六日仍由水道飞赴鹿仔草，随魏大斌并大攻剿，速达诸罗，统听柴大纪调遣。再，六月二十一日，据参将瑚图里、都司邵振纲禀：『二十日自山猪毛带兵六百余名、广东义民一千四百余名，由小路翻山至南潭攻剿贼匪，临时恳求接应』等语。臣等于二十二日黎明，派令革职参将那穆素里前往哨探，复派令翼长乌什哈达、都司杭富、参将特克什布带兵五百名，前至二层泸山脚下接应。约至巳刻，那穆素里回报：『参将瑚图里、都司邵振纲，甫经下山，贼匪四出。乌什哈达等将队伍排开，贼匪见有官兵接应，登即退去。参将瑚图里、都司邵振纲，见贼惧退，趁势带同官兵、义民向前追赶，广东义民奋勇争先，现擒获贼匪陈顺等五名』。臣等查山猪毛汛与广东庄相连，贼人数次侵犯，俱被官兵、义民杀退。又官兵前经被困数月，并无粮饷，俱系广东义民助粮接济，实属义民可嘉！随面加奖励，酌赏六品顶带，贡、监生员周敦纪等九人；八品顶带，民人曾秀 等十三人。又，每名赏银二两者九十名；赏银一两者一千二百八十二名。仍照士兵例给与口粮盐菜。其瑚图里、邵振纲所带兵，亦准分别补给粮饷盐菜，以示鼓励。至山猪毛汛，现有把总叶琪英带兵五百余名，同义民防守。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚、柴大纪曰：据常青、恒瑞奏，加派官兵应援诸罗一折，所办着着皆错。瑚图里等，前因凤山失事，被贼拦截，在山猪毛驻守数月，幸而贼匪无能，不致将山猪毛抢占。该将军等，因中间道路阻隔，无从知彼处信息，以致日久并未遣兵救援。今瑚图里既于六月二十日从山猪毛小路翻山进攻南潭，声势可得联络，自属极好机会。该将军等一得禀报，即应亲统大兵直往南潭一带，合力夹攻，则贼目庄大田可期就获，南路即可乘势肃清。即使常青、恒瑞不能一同前往，亦应酌留一人驻守营盘，或常青、或恒瑞，带领侍卫章京将备等，亲身统领，似大力多兵直趋南潭，奋力攻击，方合机宜。伊二人又有何不能分往处？纵使伊二人俱难以分身，亦应于镇将中如蔡攀龙之奋勇可恃者，多派官兵，令其带往剿捕。乃常青等计不出此，仅派那穆素里、乌什哈达等带兵五百名接应，于事何益？且官兵前在山猪毛被困数月，既全借广东庄义民助粮接应，此次瑚图里等回至大营，其广东义民，自应令其留守本庄，自为捍卫。乃竟带同来至大营。伊等之意，不过为添千余义民，可以稍添兵力。但山猪毛仍须留兵防守，又岂若令义民在彼自为守御之得力也？今将伊等带回大营，令其随营往剿，该义民等既系恋室家，心悬两地，不能得力。且使贼匪闻知该义民等随营助剿，必心怀忿恨，将其村庄焚毁、家属杀戮，义民转致受累灰心。似此，措置乖张，岂用兵之道？且常青等统兵往北路进剿，到处俱有义民协助；若见广东庄之义民投营出力，转致家属、房产被贼摧毁，是随同官兵打仗，只有吃亏，于彼无益。不但不能招徕鼓舞，转使义民等望而生畏，岂非驱之从贼？所关匪细；观之，实生愤懑！着常青等即传旨，将现在山猪毛义民，俱令速回本庄，自行守护家属、田产。并晓谕义民等，现奉谕旨，以此事系该将军等办理错误，特令义民仍回本处自为守御。或仍令瑚图里亲自带领义民等回至山猪毛，并酌添兵护送，以安其心而资守御。常青等前赴北路时，遇有义民投到者，皆应令其各在本庄自行防御。如有贼匪侵扰，即悉力堵剿，以助官兵声势。庶义民等无所瞻顾，踊跃从事，招徕更易，此为最要。至 柴大纪现在诸罗，被贼匪纠合伙党攻踞盐水港，四处断绝粮道，又请添兵救援。常青等即应领将备，亲身速统大兵前往接应，乘我兵全力打通道路，前赴诸罗会合柴大纪，方为得力。乃仅派魏大斌等带兵一千五百名，已不足以资剿杀；而魏大斌又不晓事，复留兵五百名防守盐水港，止带兵千名前往诸罗，以致兵力益单，遇贼拥至，不能抵敌剿杀；收回鹿仔草营盘，仍不能前抵诸罗。且官兵、义民多有受伤、阵亡者，既徒损兵力，及魏大斌请援，常青等又止派游击田蓝玉带兵一千名，赴鹿仔草援应。似此零星派拨，何济于事？而伊等在府城，又何曾杀戮多贼，能进尺寸之地哉！且常青等见魏大斌请援，即拨兵一千前往接应，若他处复有求救者，又拨兵援应，以此各处派拨，分投堵御，则大营即有多兵，亦必所存无几，岂又将屡请添兵而不已耶？常青、恒瑞何漫无布置，办理错缪若此！俱着严行申饬。看来，该将军等此时竟茫无主见，一错百错，于剿捕机宜竟不能得有把握，增朕南顾之忧。为今之计，该将军等惟有遵照节次所降谕旨，直赴诸罗；蓝元枚亦应自北而南，与常青、柴大纪会合一处，全力搜捕，庶期捣穴擒渠，其余党伙无难歼尽。该将军等勿再株守坐待，以致老师糜饷，坐失事机，自取重戾！主见，一错百错，于剿捕机宜竟不能得有把握，增朕南顾之忧。为今之计，该将军等惟有遵照节次所降谕旨，直赴诸罗；蓝元枚亦应自北而南，与常青、柴大纪会合一处，全力搜捕，庶期捣穴擒渠，其余党伙无难歼尽。该将军等勿再株守坐待，以致老师糜饷，坐失事机，自取重戾！主见，一错百错，于剿捕机宜竟不能得有把握，增朕南顾之忧。为今之计，该将军等惟有遵照节次所降谕旨，直赴诸罗；蓝元枚亦应自北而南，与常青、柴大纪会合一处，全力搜捕，庶期捣穴擒渠，其余党伙无难歼尽。该将军等勿再株守坐待，以致老师糜饷，坐失事机，自取重戾！
上又谕内阁曰：刘峨奏：『前准常青咨拿台湾贼匪高文麟等供出从贼之各犯姓名，开单移知，令于沿海各港口严密堵缉。当即飞饬各属一体查拿。兹查有福建来津之糖船，内有水手赵荣、林光二名，与高文麟等所供伙匪姓名相同，随讯该水手等，据赵荣供：「我系同安县人，原名欧阳焕」。林光供：「我系彰化县人，原名魏宠」。其赵、林二姓，系造船时报官姓名，历年换照均系顶认，并不添改原借，俱有住址、亲属可问。并有天津行铺人等见该水手到过天津十数次，情愿具结等因。现飞咨闽督查照，所供是否属实，再行核办』等语。所谓愈细愈远，殊属不成事体。常青等一正贼未获，而用心于无用之地，可笑！可鄙！今之大臣等行事率多如此，实增愧懑也。且台湾逆匪滋事，其伙党即或窜逸，不过在厦门附近一带海口潜匿，断无远逾数省，直至天津之理。无论赵荣等系属误拿，即或实系逸匪，伊二人逃至天津，又何能滋生事端？况船户等俱系身家殷实，天津行铺皆为出结，更属可信。乃刘峨率行拘讯，殊为失当。此等船只，皆系载装货物，投行售卖，若如此混行查拿，将来商贩未免畏累，裹足不前，必至百货腾贵，于闾阎日用大有关系。况该督及天津道、府等于所属地方，现有刘权之眷船被劫一事，并未能将盗犯拿获，转因数千里外闽省咨缉之案，纷纷查究。刘峨何不晓事至此！着交部严加议处。并将水手赵荣、林光二名，即行释放，不得再行拖累。并晓谕该船户等，以此二人实系误拿，业经奉旨即行释放，该督亦治罪矣，嗣后各安商业，不必心存疑惧。至常青现在剿捕贼匪于应行会合夹攻之处，不能妥速前进，乃于余匪窜逸咨缉至数省之远，徒滋烦扰，实属不知事体轻重，着传旨申饬。常青既远咨直省于海口查拿逸匪，则浙江等省自已早有咨会，并着李世杰、琅玕于沿海各口岸，止须饬属密行访拿逸匪，遇有商船，不得如刘峨之过事搜求，累及无辜，以致商贩闻风裹足。
臣等谨索，查拿逸匪，固宜严密，然累及无辜，使商贩是惧不前，更增地方之累。天津所到糖船，内有水手与逸匪姓名相同，督臣刘峨即据咨查办，及审明并非贼伙，尚待行咨闽省核覆，所办实属失当。我皇上降旨交部议处；并令各省沿海口岸不得借口拿匪，过事搜求，俾商贾不致望风裹足。圣天子明无不照，辑暴安良，务求其实，故天下无幸逃之罪，亦无不白之冤也。
同日，孙士毅奏言：续调粤兵六千名内，除预备贴防之二千名，已于六月十三日全数俱入闽境。其常青续调之二千名，内一千名现于七月初五、初六两日，已抵闽境。尚有三千名未经到潮；内一千名已在途次，约于七月十七、八等日，可以赴闽。其最后添调之二千名，系于七月初一日飞檄行调，营分远近不一，自七月二十一、二日起，定可陆续到潮。即最远之罗定协兵三百名，七月尽亦可赴闽。至驻防满兵一千五百名，系副都统博清额带领，计程七月二十日后，亦可抵闽。至需用船只等项，经抚臣图萨布与臣节次札商，宽为预备，满汉官兵尽敷乘坐。省城经抚臣派督粮道吴延瑞护送至惠州所属地方，妥为照料。臣复派惠潮嘉道图毕赫迎至惠州所属，彼此交代，加紧催■〈走赞〉，断可不致迟误。
同日，闵鹗元奏言：江西省运闽米石，先经何裕城咨会，已全由五福陆路运送。经臣同督臣李世杰酌商，川省之米由大江顺流南下，其来迅速。且闽、广等船，向来秋、冬间因北风较多，来江南者甚少，必需将现在陆续到来之船，尽数截留，以便候川米一到，即可次第配运。并经关会浙省一体赶办。现准浙抚臣琅玕知会，亦尽力截送来江，以资济运。再江苏省拨运米石，分作二起赶运。兹据松太道张铭等禀报，头运米五万石，业经于七月初七日自上海启行。臣一面飞移闽省督抚，派员在泉州厦门查收；并豫行移知浙抚臣，通饬沿海汛地一体拨护前进。再第二运米石，已据各州县运赴上海，所需船只，亦以次办齐，现在赶紧修艌、盘交过载。俟报到开行日期，另行恭报。奏入，报闻。
二十一日（丙戌），上命军机大臣传谕李侍尧曰：常青前值林爽文等滋事不法，调遣将弁、派拨兵丁及解送粮饷、火药等事，亦尚有条理。旋因黄仕简、任承恩贻误事机，就近派赴台湾督办。彼时，朕本不甚意满，及常青到彼，鼓励义勇、抚恤难民及一切调拨，颇觉井井有条，朕心出于望外，乃为之稍慰；方以该将军等为可倚侍，足资委任。数月以来，节次奏到各折，屡次打仗，虽未见出奇制胜、大加剿洗，尚无措置乖方、错误显然之处。至昨日所奏，魏大斌前往诸罗应援，至埔心庄遇贼未能前进，常青闻信，并不亲领大兵会合进剿，又仅派田蓝玉带兵一千名前往接应；似此零星派拨，于事何济？又将广东庄义民留营助剿，办理错谬，无甚于此。看来，常青等此时毫无主见，于剿捕机宜竟不能得有把握，朕因此实增南顾之忧！常青、恒瑞二人，俱未曾经历军务，而恒瑞又复少不更事，此时随同常青办理军务，恐其因职分相等，又以身系宗室，稍存矜贵习气，且未免有袒护满洲兵丁之意，于商办一切事务，未能和协，亦未可定。用兵全在主将和衷，方能集事；若各不相下，心存意见，以致诸事多有掣肘，所关匪细。李侍尧现在驻扎厦门，见闻较切，且该督久任封疆，受恩最为深重，伊平日于该将军等剿捕机宜，原不应有所轩轾。至现在常青等办理诸务，动多错误，朕日夕焦急，特行降旨询问；该督自应将常青与恒瑞有无意见不和、彼此牵掣，及该将军等能否办理此事、可期完竣之处，据实覆奏，毋得稍存瞻顾。再，现已有旨令福康安速赴行在，面授机宜，令其前往台湾更换常青，督办军务。但军中屡易主帅，亦非所宜。特恐常青等不能了结此事，以致因循日久，不克蒇功，转不若及早更换，尚可保全之为愈。此实朕无奈之计也。并着李侍尧酌量情形，就其所见，是否必须如此办理，一并据实速奏。
上又命军机大臣传谕常青、恒瑞曰：常青等自驻扎府城，止于桶盘栈一带结营株守，并未能剿杀多贼、挪移尺寸之地。而于诸罗请兵援救，则派魏大斌前往，及魏大斌请救，又派田蓝玉接应，似此各处派拨、分投堵御，即再添兵一万，亦不敷尔等零星派往之用。而尔等仍坐守郡城，成何事体？此系该将军曾经具奏之事，已如此错谬不一而足；其未经具奏者，办理失当之处，恐更不知凡几；何以纾朕南顾之忧？该将军等此时于剿捕事宜，处处失算，不可不急思变计，以收桑榆之效。为今之计，惟有遵照节次谕旨，舍南趋北，与柴大纪、蓝元枚会合一处，以大兵全力擒拿贼首林爽文，捣其巢穴。勿再因循贻误，坐失事机，以致自干重咎！此朕与尔等以救过之路，不可不慎！朕于用兵，赏罚严明，尔虽未经军旅，岂无闻见，不可不知也。
上又命军机大臣传谕刘峨曰：现令福康安前来行在陛见。俟其到热河后，即令带领侍卫章京拜唐阿等，由驿前赴台湾督办剿捕事宜。所有需用车辆、马匹，着刘峨先行预备，并派出藩司梁肯堂妥为照料。计福康安所带侍卫章京拜唐阿等不过百人，需用车马等项，为数不多，该督等务须妥协办理，毋得稍涉张皇，致有扰累。
二十二日（丁亥），上谕内阁曰：兵部奏，福建省应行添设站夫，未将道里远近、事务繁简分别声明，难以悬议，请敕交该督查明具奏一折。现在，台湾正在剿捕贼匪之时，所有文报往来最为紧要，自应酌量添设驿站，以便迅速接递。朕早经想及，未及降旨；而李侍尧亦并未先行具奏，仅咨部办理，未免迟缓。此时，该省军务繁多，若来往行查，更需时日。所有福建省应行添设站夫，即着照该督所咨办理。其各省驿站须有大员专司督办：直隶省着派梁肯堂，山东省着派缪其吉，江苏省着派通恩，浙江省着派归景照，福建省着派伍拉纳，照料查察，毋致迟延贻误。