穆宁，怀州河内人。父穆元休，以文章学识著称，撰写《洪范外传》十篇，开元(713～741)年间献给皇上，玄宗赐帛，先后授偃师县令、安阳县令。穆宁为人清廉刚正，重交情，尤能坚守志节。年轻时由明经科试录取授盐山县尉。这时，安禄山始叛，非法任命刘道玄为景城郡守。穆宁倡议起兵，斩刘道玄首级，传送檄文至郡内各县，响应的很多。贼将史思明来犯郡，穆宁以代理东光县令的身份率兵抵御。史思明派使者劝说诱降，穆宁立即斩了来使。郡署长官害怕叛贼怀恨太深以后会派重兵前来，便削夺了穆宁的兵权及代理县令的职务。当初，穆宁佐理采访使巡按，常过往平原郡，与太守颜真卿私下估量安禄山必叛。到这时，颜真卿亦倡导起事，率领郡兵抵拒安禄山。恰值穆宁伺机遣使持书信呈送颜真卿，信上说：“夫子赞同卫君吗？”再无别的话。颜真卿接信大喜，于是奏请朝廷授穆宁为大理评事、河北采访支使。穆宁将自己的长子托付给同母兄弟，说道：“你到那儿去，如果以后有子，我就没牵挂了。”随后便到平原郡对颜真卿说：“我的先人有后嗣了！古人说死有轻于鸿毛者，穆宁便是这样，愿辅佐大人以平定危难。”颜真卿对他深为叹服。但后来，穆宁的谋划并未完全被采纳，颜真卿被迫弃郡，夜渡黄河向南，在凤翔谒见肃宗皇帝。皇帝询问拒贼的详情，颜真卿说：“臣不采纳穆宁的建议，所以功业未成。”皇上觉得穆宁有奇才，便派遣驿使召穆宁，打算授以要职。恰好碰着颜真卿因坦率耿直得罪了皇上，此事便作罢。
上元二年(761)，穆宁官至殿中侍御史、佐理盐铁转运使。副元帅李光弼因军饷供应不上，有人嫉恨穆宁，在李光弼面前诽谤他，李光弼便扬言要杀穆宁。穆宁径直到徐州拜见李光弼，用关系国家安危的大道理开导他，毫不屈从。李光弼对他深为敬重，穆宁得以继续任职。宝应(762～763)初，调为侍御史，担任河南转运租庸调盐铁副使等职。次年，升户部员外郎。没多久，加授兼御史中丞，担任河南、江南转运使。广德(763～764)初，加授库部郎中。这时黄河运输不通，水运从汉水、沔水转由商山抵达京师。朝廷选派镇守夏口的官员，诏命穆宁为鄂州刺史、鄂岳沔都团练使及淮西鄂岳租庸盐铁沿江转运使，赐佩金鱼袋服紫衣。当时淮西节度使李忠臣贪赃暴虐不奉公守法，设置军防哨卡向商贾收税，又纵容兵士抢掠，以致路上几乎行人断绝。而一旦与穆宁隔淮水理政，畏惧穆宁的威名，便停止了这种盗寇的行径。沔州别驾薛彦伟违犯圣旨获罪，穆宁施以杖刑致其身亡，因而获罪贬为虔州司马，再贬为昭州平集县尉。
大历四年(769)，重新提升做监察御使，掌管淄青转运留后事。隔了一年，改任检校司封郎中、兼侍御史，掌管江西转运留后事。次年，官拜检校秘书少监、兼和州刺史，颇有政绩。没多久，又罢官。替代穆宁的人用天宝年间户口簿核查现有户籍，谎称人口逃亡多，而将穆宁加罪贬为泉州司户。穆宁之子赞，上诉鸣冤在宫门守候三年，皇上派御史复查，发现和州人口户籍倍增，于是下诏召穆宁回朝授右谕德官职。穆宁为人刚毅不能奉迎权贵，执政大臣认为穆宁不依附自己，而且担心他难以制约，所以让他处在闲散的位置。穆宁默默不得志，说道：“时世不容我，我也不能顺应时世，既然我不宜居官，那就激流勇退吧！”称病辞官归家，一连数十遍地恳请告退。这样的情形有好几次。亲友们认为他身体尚强壮，但也一一到朝中告请。皇上停驾奉天，穆宁前往行宫谒见，皇上授他秘书少监。兴元(784)初，改任右庶子。德宗返回京师，穆宁说：“可以实现我的愿望了。”于是称病停职回到东都。贞元六年(790)，在秘书监任上辞职退休。
穆宁好学，善于教子，家道以严格著称。侍奉孀居的胞姊以友悌闻名。靠着胸襟豁达使身心健康，从不依赖服药。常常训诫几个儿子说：“我听说君子侍奉双亲，以承顺父母的心意最为重要，这只是正直之道而已。谨慎而不做谄谀之事，这才是我的志向。”贞元十年(794)十月去世，时年七十九。有四子：赞、质、员、赏。