陆元方，苏州吴县人。世为名门大姓。曾祖陆琛，在陈朝曾任给事黄门侍郎。伯父陆柬之，以善于书法知名，官至太子司议郎。陆元方中明经举，又应八科举，皆中。调任监察御史。武则天革唐旧制，派陆元方为使者安抚岭外。将要渡海。当时风狂浪大，舟人中没有人敢扬帆出海。陆元方说：“我受命无私，神难道会害我吗？”就命令船夫渡海，不久果然风平浪静。完成使命归来很称武则天的心意，任命他为殿中御史，并在同一月拜风阁舍人，仍兼侍郎之职。不久，他被来俊臣所陷害，武则天手敕特赦他。长寿二年(693)，升迁鸾台侍郎、并代理宰相。延载初年(694)，又加任凤阁侍郎。证圣初年(695)，内史李昭德得罪，因陆元方附和李昭德，被贬为绥州刺史。不久，又为春官侍郎，又调任天官侍郎、尚书左丞，不久拜鸾台侍郎，代理宰相，武则天曾问他外事，他回答道：“臣任宰相，有大事立即上奏；至于人间碎务，臣不敢把这些小事烦扰圣览。”因此违忤了旨意，被迁任太子右庶子，免去宰相之职。不久转任文昌右丞，因病去世。
陆元方任官清廉，两次任宰相，武则天凡要有升迁任免之事，总是先向陆元方咨询，陆元方必把自己的意见密封上奏，从未向人流露过武则天对他信托。他临死前，取出自己上奏的草稿全部焚毁，并且说：“我对人所积的阴德多，我的后代的福泽大概衰不了吧！”他有一匣书，常常自己封住，家中的人没有人看过，到他死后启封一看，乃是皇上给他的敕书，保密能做到这样严谨的程度。死后，被赠越州都督。开元十八年(731)，又赠扬州大都督。