侯君集，豳州三水人。生性故意做作，好骄傲自夸。玩弓箭没有学成拉弓射箭的技艺，却以武勇自称。太宗在做秦王时，引君集入幕府，数次跟从太宗出征，历任左虞候、车骑将军，封全椒县子。逐渐蒙受恩遇，参与计议。建成、元吉图谋不轨被杀，君集的策划最多。太宗即位，君集迁任左卫将军，因为立功晋封潞国公，赐封地一千户，不久拜右卫大将军。
贞观四年(630)，君集迁任兵部尚书，参与朝廷政事。当时准备讨伐吐谷浑伏允，太宗命李靖为西海道行军大总管，命君集及任城王李道宗一起为副帅。贞观九年(635)三月，唐军驻扎在鄯州，君集对李靖说：“我大军已到，贼寇尚未逃到险要的地方，我们应当选拔精锐兵力，长驱疾进，敌贼没有料到我军突然到来，我们必有大利。如果这个计策不能实行，贼寇必定暗中逃跑到很远的地方，山隔路阻，讨伐贼寇实在是很难的了。”李靖采纳了君集的计谋，于是选拔精锐骑兵、轻装深入。李道宗在库山追上伏允的逃兵，击败了贼军。伏允轻兵逃入沙漠，躲避官军。于是李靖把唐军分成南北二路一起深入敌境，李靖与薛万均、李大亮取北路，派侯君集、李道宗取南路，途中经过破逻真谷，翻越汉哭山，途经二千余里，行军在茫茫沙漠，盛夏降霜，山多积雪，转战经过星宿川，到达柏海，屡次与贼寇交战，都获得大胜。往北远望积石山，看到河源从这里发源，于是回师，与李靖在大非川胜利会师，平定吐谷浑胜利回朝。
贞观十一年(637)，君集与长孙无忌等都受到世封，授君集任陈州刺史，改封为陈国公。第二年，拜吏部尚书，晋位光禄大夫。君集出自军队，平素没有学问技艺，到受任用恩遇，才开始读书。主持选择举用贤能，决定考核官吏成绩，出为将领，入宫参与朝政，一并在当时有声誉。
高昌王麴文泰当时阻止断绝西域的商贾，太宗召文泰入朝，文泰却推说有病不到。太宗诏令君集为交河道行军大总管讨伐文泰。文泰听说皇帝的军队将到，对他的国人说：“唐国离这里七千里，沙漠广阔有二千里，地上没有水草，冬季寒风冷冻，夏季热风像火烧，风所吹到的地方，行人大多死去，平常步行一百人不能够到达，大军怎么能到达呢？如果屯兵在我城下，二十天粮食一定会吃光，自然内溃，然后接近而俘虏他们，有什么足以忧虑呢！”等到大军到达沙漠入口，文泰死了，他的儿子智盛承袭了王位。君集率兵到达柳谷，巡逻侦察的骑兵说文泰限定日期将要下葬，全国的人都将集中在那里。众将请求趁机袭击他们，君集说“：不行，天子因为高昌王骄慢无礼，派我奉命执行上天对他的惩罚，现在在坟墟墓地之间袭击他们，不是问罪之师。”于是击鼓前进，攻打田地。敌贼自己环城固守，君集告晓他们，他们不听。这以前，大军出发时，朝廷召募山东擅长造攻城器械的人，把他们都派遣从军。君集于是砍伐树木，填在护城壕中，推撞车撞击城墙上齿状的矮墙，从数丈高的地方坠落在穴中，用抛车发射石头攻打敌军城内，所挡住的地方无不打得粉碎，有的士兵张挂毡被，用作屏障向城内抛石头，城上守卫女墙的敌兵不能再站立下去。于是攻克敌城，俘获男女七千余人，进兵包围敌人的都城。智盛困厄窘迫，送达书信给君集说：“有罪于天子的，是先王。上天施加的惩罚，已身死离去。智盛即位不久，不知先王罪过的由来，希望尚书哀怜。”君集回信答复说“：如果能悔罪，应当自己捆住双手站在军营的门口。”智盛还不出来，因此“君集命令士卒填护城壕，派抛车去攻城。又做十丈高楼，俯视城内，有行人到飞石所射中的地方，都高声地告诉他，人们大多入室避石。当初，文泰与西突厥欲谷设约定，有军队打来，共同内外呼应。等到听说君集的军队到了，欲谷设畏惧而向西逃一千余里，智盛失援，无计可施，于是开门出来投降。君集分兵夺取地盘，于是平定高昌国，俘获智盛及其将领、官吏，在石上刻记功勋胜利回朝。
君集起初攻克高昌，不曾奏报请示朝廷，就发配没收无罪的人，又私自收取宝物。军中将士知道这个情况，也争着盗窃，君集恐怕暴露了这件事，不敢制止。到了京师，有司请朝廷追究君集的罪过，朝廷诏令君集下狱。中书侍郎岑文本认为功臣大将不能轻易施加屈辱，上疏说：
“君集等处在辅佐朝廷的地位，有的职位也是亲信助手，一起蒙受朝廷的提拔，担当将帅的重任，不能正身奉法来报答陛下的恩泽，行为恣情放肆，罪大恶极，确实应当按刑法制度量刑，以此严肃朝廷的伦理道德。但高昌糊涂迷惑，人与神共同抛弃，在朝廷中商量国政的，认为高昌地在远荒，都想把高昌置之度外。只有陛下运用独有的远见和智慧，亲授决胜的策略，君集等奉行圣上的策谋，才能够按期平定消灭高昌逆贼。如果论事实，都是陛下的功绩，君集等有长途跋涉之劳，不足以称赞他们的功勋。然而陛下天赋的德行不主宰，却把功绩推给将帅。不封的文书刚到，就降大恩，从征的人，都受到滋润洗荡。到他们凯旋时，特此蒙受私宴，又对万国，加以重赏。内外文武，都欢欣陛下赏赐及时。而没有经过十天半月，又都交给掌刑法的官吏，虽然是君集等自己触犯法律，而在朝的人却不知道他们所犯的罪，恐怕国内又疑心陛下只记录他们的罪过，好像遗漏他们的功绩。臣因为低才，错误地参与得到受宠爱的职位，既然有自己的见解，不敢默不开口。
“我听说古代的仁君，出师命将，战胜敌人就获重赏，没战胜敌人就受严酷的刑罚。因此处在有功的时候，即使是贪婪、残暴、淫乱、放纵，也一定蒙贵官的恩宠，当他有罪时，即使勤勉、恭敬、高洁、克己，也免不了被铁钺杀戮。所以《周书》说‘：记人之功，忘人之过，是适宜做君主的人。’从前汉朝贰师将军李广利损失了五万人的军队，消耗了亿万的费用，经过了四年的劳碌，仅获得骏马三十匹。虽然他斩了宛王的首级，却贪婪不爱惜士兵，罪恶很多。武帝因为万里征伐，不记录他的罪过，终于封广利为海西侯，封地八千户。再说校尉陈汤假传诏令出兵，虽然杀了郅支单于，然而汤一向贪婪，所收康居财物，做事多违法，被司隶拘囚。汤就上疏说‘：与官兵一起杀郅支，幸亏擒灭了他们。现在司隶却拘囚立案查验，是为郅支报仇啊。’元帝赦免了他的罪，封汤为关内侯，赐黄金一百斤。还有晋朝龙骧将军王浚有平定吴国的功劳，而王浑等议论浚违诏，不受节制调度，军人获得孙鰑的宝物，一起焚烧了孙鰑的宫室船只。浚上表奏说‘：今年平定吴国，确实是大庆，对于臣自身，更是罪过。’武帝赦免而不追究他，拜他为辅国大将军，封襄阳侯，赐绢万匹。以近来说，隋朝新义郡公韩擒虎平定陈地的那天，纵容士卒在叔宝宫内行凶捣乱，文帝也不问罪，虽然不给他晋爵，但还是拜擒虎为上柱国，赐物八千段。由这看来，将帅这样的臣子，廉洁谨慎的少，贪婪谋求财物的多。因此黄石公《军势》说：‘用智，用勇，用贪，用愚。因此智慧的人乐于建立自己的功绩，勇敢的人喜好实行自己的志向，贪婪的人求取趋向自己的利益，愚蠢的人不计较自己的生死。’从这可以知道前代圣人没有不取人之长，弃人之短的，的确是因为这个。
“我又听说天地之道，把天覆地载庇养包容放在首位；帝王的道德，以包容宽宏为美。区区汉武帝及历代的各个帝王，尚且能饶恕李广利等，何况陛下天赋神明而威武，挥动宏图而定天地四方，难道惟独端正这刑律纲常，不遵行古人的事例吗？俯伏思维圣上的心意，应当自己有所斟酌。臣现在所以陈述见闻，并不敢偏爱君集等，希望用萤火蜡炬般微弱的光，增添日月的光辉。假若陛下降雨露一般的恩泽，收起雷电般的威风，记载他们微小的功劳，忘却他们大的罪过，让君集重新升入朝廷的位次，再让他尽力效命，虽然不是清廉贞洁的臣子，也还是贪婪愚鲁的将领。这样一来，那么陛下的圣德即使摧折了刑法，仁德却更加明显，君集的错误过失，即使蒙受宽恕，过失却更加显著。足以让立功之士，因此而都受到鼓励，负罪之将，由此而改变节操了。”
分条陈奏，于是朝廷释放君集。
君集自认为对平定西域有功，却因为贪图财利被囚禁，心里很不服气。贞观十七年(643)，张亮凭借太子詹事的身份出任洛州都督，君集激怒张亮说：“为什么被排挤？”张亮说：“是您被排挤，还想冤枉谁！”君集说：“我平定一国以来，只能在屋子里左右发怒了，又怎能巴望受到排挤！”因此揎袖捋臂说“：忧闷活不下去了，你能造反吗？我就与你一起造反。”张亮将这话告密，太宗对张亮说：“你与君集都是功臣，君集单独把这话告诉你，没有别的人听见，如果把这事交给主管官吏处理，君集必定说没有这事。两人相互对证，事情不能弄明白。”于是止息了这件事，对待君集像当初一样。不久君集与众功臣一同被朝廷把肖像画在凌烟阁上。
当时庶人承乾在东宫，恐怕朝廷会废置太子，又得知君集心怀不满，于是与他共同密谋。君集的女婿贺男楚石当时任东宫千牛，承乾命令他数次引君集进入东宫，向他求教安稳自己地位的方法。君集认为承乾差劣软弱，心想乘隙借他图谋大业，于是赞成承乾图谋不轨，曾举着手对承乾说：“这好手，应当为你效劳。”君集有时担心阴谋泄露，自己心中不能安定，常常半夜突然颠仆而起，叹息悲痛很久。他的妻子感到奇怪就对他说“：你，是国家大臣，为什么这样？必定有缘故。如果有不好的事，辜负国家，应当自己自首罪行，头颈尚可保全。”君集没能采用妻子的话。
到承乾的事情败露，君集被逮捕，楚石又到皇帝的殿廷告发承乾谋反的事。太宗亲自面对君集审问说“：我不想让刀吏羞辱你，所以亲自审讯验证。”君集辞穷。太宗对百官说：“从前国家没有安定，君集确实施展了他的能力，不忍心把他置之于法。我准备给他性命，公卿们允许我的要求吗？”群臣争着进言说“：君集的罪，天地所不容，请杀死他来表明国家的法度。”太宗对君集说：“与你永别了，从今以后，只见你的遗像了！”因而哀叹抽泣，于是在四通八达的路上斩了君集，抄没了他的家产。君集临刑时，面不改色，对监刑的将军说：“君集哪里是谋反的人呢，失足到了这个地步！然而我曾经做过将领，破灭二国，很有些微小的功绩，请为我对陛下说，请求留一个儿子守祭祀。”因此特地赦免了他的妻子和一个儿子，把他们迁到岭南。