萧合卓，字合鲁隐，突吕不部人。初时为本部小吏。统和初年，因为恭敬谨慎被补为南院侍郎。十八年(1000)，北院枢密使韩德让推举萧合卓为中丞，让他带着太后遗物出使宋国。回国后，迁为北院枢密副使。开泰三年(1014)，任左夷离毕。
合卓长期担任得以亲近皇上的职位，熟悉典故，善于应对。因此尤其受到皇上宠爱与恩泽，升任北院枢密使。时议认为他操行不够完美，不可大用；南院枢密使王继忠在侍宴时，又讥弹其短处，惹得皇上很不高兴。六年(1017)，皇上派萧合卓讨伐高丽，回国以后，一时请求进用者大多依附于他；然而其衣物食品、仆从马匹比过去并无增加。皇上知道他廉洁，将同族的女子嫁给他儿子，诏令准予亲友馈赠进献，因此豪富贵显之人均奔忙于他的门庭。
太平五年(1025)，萧合卓生病，皇上意欲前往探望，合卓推辞说：“我没有什么功绩，错蒙皇上委以重任。现在形容憔悴，我担心陛下见了有伤神志。”皇上听从了他的请求。适逢北府宰相萧朴探病，萧合卓拉着他的手说：“我死以后，你一定会担任枢密使，在任上千万不要推举强似自己的人。”萧朴出来后心里十分鄙视他。就在这一天萧合卓去世。子萧乌古，官至本部节度使。