一、素问古目八十一篇，除亡刺法、本病两篇，实共七十九篇，其中论阴阳、脉象、治法者五十一篇，论针灸、穴俞者二十二篇，论岁运、六气者七篇。虽皆轩岐数圣人阐发救人妙义之所在，然其间有理数之分。阴阳、治法者理也，理本变化无方；针灸、岁运者数也，数则有象可拟。故特分为内外篇，庶使读是经者，于神理所在，精思而熟玩；象数所在，则仅记忆焉可也。
一、宋新校正言，汉艺文志云黄帝内经素问九卷，至隋经籍志云止存八卷，全元起注本亦云少第七卷，王太仆序素问言第七卷师氏藏之，即岁运天元纪等七篇也。新校正疑其篇卷浩大，以为别是阴阳大论之文，王氏特借以补所亡之卷，引张仲景伤寒论序为证，庸或有之。但素问一书，凡天地所有，无一不备，七篇虽独浩大，然畅论阴阳变化自应如是，书经亦出于壁，太仆之语岂即诬也。
一、素问文义虽经王氏注解，高保衡等校正，各云备极苦心矣，然错误脱漏处仍多。兹各于本篇条下，辨驳其是非，参考其得失，非敢訾议前贤，良以经旨不可冒昧，人命非同草菅，宁负狂妄之罪耳。至于管窥之见，疵自多，削而去之，是所望于后之君子。
一、太仆之注至真要大论也，“壮水之主以制阳光，益火之原以消阴翳”二语，阐前圣所未发，开后学之颛蒙，卓然千古，是注也而经矣。自余未尽合处，瑜不掩瑕，无失其为至文。
一、每篇各有命名之义，有为篇中要旨所关者，有毫无关涉，不过以起首有此数字而即以之为名者。又一篇之中，问答条款逐段不同。若非并为标出以提其纲，观者能无眩乱。兹特总序名目于篇首，如诗之有小序也。
一、篇中问答一项为一段，分注于其下，井然不乱，庶几心目了然。又其文气高古，句法错落，有一、二字为一句者，有十数字为一句者。兹于语气略断处读（音逗）之，读之音韵婉转而义理愈出，是乃所谓章句也。
一、是经去古既远，残缺自多。王注每曲为之解而理愈晦，即甲乙经、全元起注本以至新校正亦多未确。
兹不敢傅会，宁阙疑焉。
一、古本每篇旧有次叙数目，今既分为内外篇，已无次序，用何数目，故并去之。
一、训诂大家惟以诠释本文而已，医经则独不可。盖问答之意，不过偶举一端，原非脉病之全旨，后人执而泥之必偏矣。王注类多随文顺释。拙解则必会通大意而后诠释本文，或注明本文而后补出全旨，使观者融会心胸，庶不致有偏泥之害也。
一、内篇所载，皆阴阳变化之大义，脉象治法之要旨，固当细心体认。至于外篇，针灸如离合真邪等篇，岁运如至真要天元纪等篇，其中各有精义，所当节取以究其微，未可以其列之外篇而概视为肤浅也。
一、热论篇仲景之所祖之以为伤寒论者，字字皆有着落，段段各有精义。向阅王注，颇下恰意，方思有以易之而未能。后见乌程闵氏芝庆者集中，特为此篇作注，最为明确，无以易也，故全录之。惜乎此君不为素灵全经作注，诚憾事耳。
一、岁运七篇中有天文度数及天符岁会等义，实余素所不解者，王注既不快意，杜撰又非所能，阁笔者久之。
后得景岳张公类经注解，推算详明，确然可遵，竟全录之，间有不合处，乃附谨按于其下。兹集实赖二公之玉吾成也。
一、末后着至教等七篇，文辞意旨与全经绝不相类，的系后人假托以充篇目之数者。王氏一概混为之注而不能辨，直为其人所欺矣。自今道破，后之君子谅不以吾言为孟浪也。
一、是集或有谓余当全载原文，但于应节解处各记钩勒，庶使读者备悉源流，知经之所以节，注之所以另为解，是也。但此举原所以便肄习，苦仍列全文，则不特篇卷浩繁，且使读者心目眩乱，故予节略，非但省文，实所以豁心目也。
一、素问古目九卷，王氏分为二十四卷，未免太繁，今分内篇三卷，外篇六卷，合为九卷，仍古目也。