台湾海防兼南路理番同知（督台、凤、诸三县捕务），光绪元年钦差沈葆桢奏改为卑南同知，仍兼南路理番，移驻卑南觅社，管带绥靖军一营，安辑后山一带番民，台湾海防缺裁。
秩正五品职，任稽查台、澎各港口船只出入事务；雍正初年添设淡水县海防同知、澎湖通判。淡水一带海口船只，归淡水厅稽查；澎湖一带海口船只，归澎湖厅稽查。乾隆三十四年，复于彰化之鹿港地方，添设鹿港同知。彰化一带海口船只，妇其稽查。本厅则稽查鹿耳门港、大港、旗后港、东港出入船只。又志云：茄藤港凡大小商船、渔船、艇船等出口，均有规费。按定梁头之大小，或百余元，或数十元，或十余元不等。台防分府专恃此类津贴办公诸费。设有配运总科，承办船务。又设有金迎祥、金安澜等报销，以报船只出入。凡漳、泉各府船只一到，由报馆送牌呈验，船内货物起卸装载完备，仍由报馆缴费领牌出口。将出口时，分府宪派家丁及书差会同武口汛弁，前往船上查明果无私载违禁、漏税货物，然后听其开棹。自台防厅移住卑南而后，各口船发出入，由各县委派家丁，书差查验；又安、凤二属放■〈纟索〉、新港、搭楼三屯化番事务，亦归管理。计屯千总一员、把总一员、外委三员，均属辖下。有出缺者，径详道宪考验拔补。屯饷亦归散放；番黎控争事件，亦归审判。设有理番经承，办理屯政。又，海东书院产业，从前亦归管理，每月应发膏伙、山长束修及诸款项，由监院申请给发。设有膏伙书经，承其事。光绪初年，改卑南厅后，海东产业，道宪札归海东监院兼理。又，大南门外之竹溪寺，系前分府宪所建；油香田园，亦其所充。寺中住持僧，必向本衙门禀请顶充。
衙署在西定坊西向（旧在鹿耳门，雍正八年移驻于此），署后有内省轩（同知何恺建）、澹怀轩、研北书屋（俱同知朱景英建，录县志）。按分府署前为照墙，环以木栅，有东西两辕门，对墙者为仪门，仪门内左为礼房、工房、福德祠，右为兵房、承发房、皂快班房，中为大堂，大堂后为川堂，川堂后为花厅，花厅后为内眷住宿之所。澹怀轩即花厅。研北书屋在花厅之左，内省轩在内署后。研北书屋之左有妈祖厅，奉祀天上圣母。光绪元年，台防同知改为卑南同知，移驻卑南，台湾镇军暂借为行台（因抚军驻镇署，故镇宪借寓于此）。后镇宪回驻本辕，分府署仍旧空虚。光绪十四年，详准改为按司狱衙门。监狱在其左焉。
俸薪年给银八十两，养廉年给银五百两（凤山县解二百两，诸罗县解三百两，录府县志）。又，以大小船只出口领牌费为津贴办公之用。
额设左典吏一人、右典吏一人，兵房、工房、礼房、承发房，另外又有配运总科、理番总科，每房、科首书一人，供应公事，帮书则多少不等。又有膏伙房，办理海东膏伙事件。
配运总科，经承配运台湾仓榖，供福建内地兵食。配多、配少，以船之梁头为定。自一百八十石起，至三十石止。凡大小船只出口，均有规费，名曰「领牌费」，由其鸠收转缴分宪，并协同分宪丁差、武口汛弁查验进出口有无私载违禁货物。此科书办，随任更换，不专一人，由新任者批准何人顶充。要充当配运首书，须先缴典规二、三千元。因领费配运首书，应得四分之一为办公诸用，有盈余故也。按姚石甫筹议商运台谷，云闽省内地，水陆官兵五十三营，与驻防旗兵不下十万，归征粮米，惟延平、建宁、邵武、汀州、兴化五府产米之区给兵外，尚有余米以济他府。福州、福宁、泉州、漳州四府，兵多米少，协济犹不足，则半给折色，督标金厦、漳镇、铜山、云霄、龙岩、南澳诸营，有全折者。雍正间，先后题请半支本色，于台湾额征供粟内拨运。又增给戍台兵眷米，亦以台榖运给。于是，台湾岁运内地兵眷米谷八万五千二百九十七石，有闰之年八万九千五百九十五石。乾隆十一年，巡抚周学健奏定分配商船运赴各仓，此商运台榖所由来也。商船之大者，载货六、七千石，小者载货二、三千石。定制梁头宽二丈以上者，配官榖百八十石；一丈六尺以上者，配一百三十石。每石给运脚银六分六厘。嘉庆十四年，总督方维甸以台榖积滞，奏开八里坌口（八里坌台北港口），与鹿耳门、鹿港一律配运。凡渡海渔船梁头宽五尺以上至一丈二尺者，皆令配榖三十石至八十余石。然奸商诡谲，往往减报梁头，巧为规避，官榖积滞如故。后有欲除其弊以恤商，议罢商人配榖，请官船海运，以语台湾县姚莹（石甫其字也）。莹上条陈以阻之。总督赵文恪深以为然。继而台湾各官会议，亦皆谓商运不可罢。时，福建巡抚孙尔准，以改折抵饷之说，密访于台湾府方传穟。传穟详覆，亦以为不可。孙公纳之。文恪与传穟书曰：此阅陈议所见正同。事关国制不可不尽言也。然已违众议，不罢商运（以上录「东槎纪略」）。究之台地配榖，仅有其名，私皆易银置货，其返也亦折色交仓，不可，然后买榖以应。官吏挟持为利，久之遂成陋规（赵慎轸赐谥文恪）。
理番总科经承所管放新搭屯政及近山一带设置通事、土官、隘丁事务，凡遇新官到任，通事土官必缴旧戳，换给新戳，屯兵腰牌亦归办给，一切抚垦事宜、屯番互控案件，概归经承。
礼房经承一切祭祀事务。竹溪寺禀充往持僧亦归送稿，每月配运科贴费金三元。又各房书办顶充革故，均由注册。兵房经承配运军械及戍台班满兵丁分起送回内地、故兵骨骸暨解省命盗各获船只遭风救护、一切海防应办事件，凡各班役顶充革故，均由登注卯册。
工房经承开通河港、道路，商民、渔户修造船只以及地震回禄化番互控、房屋地基事务。
承发房经承收发一切公事、登记号簿、化番控争户婚、田土事务。
膏伙房经承征收海东书院产业生息银元以便逐月海东监院请领膏伙及山长束修、监院薪水等费，就额设步快、皂隶禀派两名，为膏伙差。
额设门子二名、步快八名、轿伞扇夫七名，共一十七名，每名年给工食银六两。又匀给银二钱，共给银一百五两四钱。又，嘉义县原解皂隶一十二名工食银七十四两四钱，乾隆十年改归台邑就近解给，年共给役食银一百七十九两八钱（录台湾县志）。