玄奘经过了去年的大病，气力不复如前，每每感到力不从心。而且他住在洛阳皇宫，各种世俗的杂事甚多，每日的译经工作频频被打断。由是，他遂生厌离京洛、入山修禅之心。显庆二年（公元657年）九月二十日，玄奘上表，请求归隐少林寺。他在表中自述，自己年事已高且多病衰弱，不愿意再冒受皇恩。希望能毕命山林，成就禅观，以报国恩。同时，在禅修之余继续翻译佛经。
玄奘的上表措辞婉转，态度恳切，读之令人心动。高宗皇帝读后，第二天亲笔回复，信中虽多用褒奖之词，但最后笔锋一转，十分坚决地拒绝了他的要求。
入山之志既不得酬，无可奈何的玄奘不得不强撑老弱之躯，在积翠宫继续译经。因住在皇宫，俗事繁杂，能带进来的助手又少，佛经翻译的进度很不理想。玄奘着急，只能大幅度压缩自己的睡眠与休息时间。可是，欲速不达，他因劳累过度，又一次积气成疾。玄奘自忖，这次病重如油尽灯枯，断无生机。他怕惊动皇上，悄悄离开积翠宫，到皇宫外的一座寺院等死。
佛菩萨保佑，再加上弟子们延医诊治，他再次活了过来。病情好转之后，玄奘休养几日，回积翠宫继续译经。
显庆三年（公元658年）正月，玄奘随驾自东都返回西京。七月，奉敕入住西明寺。
之后，大唐宫廷斗争达到了白热化。玄奘一个世外之人，十分厌恶充斥着阴谋的政治，早就想逃离京城。可是，不管是唐高宗，还是武则天，都想利用他在民间的崇高威望来为自己增色，所以迟迟不肯放他归山。现在玄奘在西明寺，每日前来拜访者络绎不绝。他还需要协助朝廷处理外交事务，与史官们编纂《西域图志》。纠缠不清的俗务，翻译佛经的迫切，让分身无术的玄奘只能尽力挤榨自己的精力与体力，于是再次劳累成疾。
玄奘早已看破了生老病死，所以疾病的痛苦与死亡的威胁都不能让他动心，但是，译经的大愿未了，让他不能不为之揪心。于是玄奘再次申请离开长安。这次，高宗终于批准他离开京师，前往玉华寺译经。玉华寺，就是原来的玉华宫。
显庆四年（公元659年）十月，玄奘像挣脱樊笼的大鹏，与译经场的成员离开纷纷扰扰的京城，来到了玉华寺，入住肃成院。译经的场所，则设在了玉华殿。
说来也巧，玉华寺所在的大川，在唐代称为凤凰谷。玄奘出生的地方叫凤凰谷，而今所在的地方也叫凤凰谷，这究竟是机缘巧合、妙趣天成，还是冥冥之中有着某种预示？
从某种程度上说，玄奘是为了专心翻译《大般若经》才来到玉华寺。从显庆五年（公元660年）至临终，玄奘的译经工作就是以翻译《大般若经》为中心的。
《大般若经》全称《大般若波罗蜜多经》，是佛教大乘空宗的主要经典，卷帙浩瀚，梵本共二十万颂（640万字）。当玄奘应弟子们的请求，着手翻译《大般若经》时，已年届花甲。多年的操劳，消耗了他大量的精力，身体已相当衰弱了。但他考虑到翻出此经，可以使瑜伽行派学说从理论上溯源到般若，能调和、会通大乘空、有二宗的分歧，故而毅然决定动手进行这项浩大的翻译工程。
玄奘从印度带回了三种《大般若经》梵文版本，为了力求精确无误，他们每翻译一句话，都要对照三个版本，进度很慢。再加上这部经的篇幅太大，真不知何年何月才能大功告成。弟子们看到玄奘年迈体弱，生怕他过分劳累，建议删略一部分内容。因中国人尚简捷，所以许多经论在无伤主旨的情况下，于翻译过程中有删繁就简的情况。玄奘顺从了大家的意愿，除繁去重，翻译进度大大加快。
……不知怎么回事，玄奘晕晕乎乎，被一股阴风吹了起来，飘飘荡荡地来到了雪山丛中，被扔在了万仞之高的雪峰之上。雪峰顶上寒风劲吹，冰凉的雪糁打在脸上，像刀割一样。漫天的寒气化作一条条冰蛇，从脚底、从脖领、从身体的四面八方钻入他的骨缝，啮咬他的神经。可是，他一动也不敢动，因为雪山之巅仅容得下他双脚站立，四周都是刀削一般的悬崖峭壁，稍稍走神，就会坠入万丈深渊！严寒刺骨，风雪狂虐，玄奘被冻得瑟瑟直抖。而面前深不可测的崖壑，更让他胆战心惊！他真真切切地体会到了什么叫如临深渊，如履薄冰。忽然，一阵强劲的寒风从背后刮来，他站立不稳，脚下一滑，跌下山崖……
玄奘惊叫一声，从睡梦中醒来，浑身早已被冷汗浸湿了。此后连续几个晚上，他总是噩梦连连：或坠入雪坑，挣扎不出；或深陷险境，孤独无助；或被猛虎追逐，不能脱身……他常常被恐怖的梦境吓醒，汗流浃背，惊魂落魄。
玄奘是一个毕生追求至真至善的人，由于近几日的翻译没有完全忠于原著，所以在他内心深处留下了不安的阴影，造成夜间噩梦不断。他认真思考之后，说服弟子们，回复广译不删略的方法，一字不漏地翻出全本。果然，当晚玄奘就梦见诸菩萨眉间放光，照耀自己，身心有一种说不出的舒畅。他又梦见自己持着鲜花、香灯供养诸佛，登上高高的法座为大众讲经说法，受到大家的恭敬赞叹。奇妙的是，在译《大般若经》时，除了玄奘自己频频见到各种瑞相之外，那些助译的法师们也经常得到种种祥瑞的兆头。
令人难以置信的是，在玉华寺肃成院中，有一棵原产于印度的娑罗树。当般若经翻译快圆满时，忽然在不是开花的季节，这棵娑罗树几次开花，而且每次均开六朵，每朵开成六瓣，红白都有，鲜艳可爱。当时大家都认为这是般若再度弘扬的先兆，六朵、六瓣象征着“布施、持戒、忍辱、精进、禅定、般若”六度。
或许是预感到自己来日无多，也或许是为了将前些年损失的时间弥补回来，玄奘在玉华寺的工作完全可以用狂热来形容。虽然他在玉华寺只有短短的四年，却共译出佛经十四部六八二卷，占其平生总译经一三三五卷的一半以上。而且，这还是在他身体状况大不如前的情况之下完成的。因而可以说，他完全是在与自己的生命时光赛跑。
玄奘不断地激励弟子们说：“我都六十多岁了，说不定哪一天就会在这里回归兜率天。这部经甚大，我常常害怕不能译完。所以请大家更加勤奋努力，勿辞劳苦。”
在玄奘的带动下，诸位高僧时刻不懈，至龙朔三年（公元663年）十月二十三日，终于大功告成。全经合成六百卷，称为《大般若波罗蜜多经》。
玄奘写完最后一个字，合下经卷，长长吁了口气，高兴地对弟子们说：“这部大经，与我中华有缘，与此地有缘。我能顺利地来到玉华寺，全靠这部佛经的力量。原来在京师长安，因俗事牵扯，无尽无休。现在能够完成，都是诸佛的加被、护持。这是镇国之典，人天大宝，大家都应当感到欢喜荣幸。”
译完《大般若经》，玄奘就像耗完最后一滴油的明灯，预知无常将至，自己的生命行将结束。他向弟子交代后事说：“我来玉华寺的使命就是翻译般若经。如今经已译完，我的生命也就要结束了。你们切记，我死之后，后事一切从简。只要用一张粗竹席将我的遗体卷起来，埋在偏僻的山水边即可。千万不要靠近宫殿、寺院，还是让我离这些地方远一点好。”
玄奘希望自己死后，能与麋鹿做伴，与仙鹤为伍，融于山水间，回归自然。
在座的弟子们听后，大吃一惊。大家都不相信，异口同声地说：“奘师，您的身体比刚入山时还好，气色也和从前一样红润，为什么要说这些不吉利的话呢？”
玄奘淡淡一笑：“你们不必安慰我，我知道是时候了，该走了。”
辩机、玄觉等弟子知道，像师父这样的高僧，对于自己的寿命一清二楚，能预知死期。自从知道了师父即将圆寂，他们就像一群将要失去慈母爱怜的孩子，惶惶不可终日。同时，他们也知道，若是有继续住世的机缘，这些来去自由的高僧们往往能多活几年。为了挽留师父，聪明的辩机出了一个好主意：大家共同请师父开始翻译一部大部头的佛经。这样，三五年之内，师父就无法撒手回归兜率天了。于是，他们从师父带回的经夹中，找出了一部篇幅浩瀚的《大宝积经》，请他开译。玄奘摇摇头，没有答应。
麟德元年（公元664年）大年初一，所有的译经大德与玉华寺僧众身穿庄严的袈裟，手持拜具，一同来到玄奘面前，五体投地，大展三拜，殷勤启请他主译《大宝积经》。玄奘从来不愿意拂逆大众的精诚，只好接受他们的请求。大家高高兴兴地簇拥着玄奘来到玉华殿，便开始翻译《大宝积经》。玄奘勉强升座，他提笔翻译了几行，便感到力不从心，于是收拾梵本，搁下笔对大家说道：“非常抱歉，这部经的卷数与《大般若经》相近，我反复衡量自己的气力，无论如何也无法译完这部大经了。”
玄奘又说：“我知道你们挽留我住世的好意。可是，有生就有死，人生如梦幻泡影，如何能不灭？我今年六十五岁了，自知没有多少时间了，很快就会死在玉华寺。你们若在经论上有什么不明白之处，抓紧时间问吧。”
弟子们非常伤心，黯然流泪。玄奘自己反而十分平静，说：“今天是春节。春阳既浮，萌者将动；阳和启蛰，万象更新。新的一年开始了，你们应该高兴才对。现在，我要到寺后的石窟拜佛。大家都出去走走吧。”
从此，玄奘绝笔不再翻译经书，在玉华寺专精行道——礼佛、诵经、打坐。
正月初八晚上，追随玄奘已三十多年的高昌籍弟子玄觉，梦见一座高大庄严的佛塔突然崩塌了！他惊醒之后，不知这梦预示着什么，就请教师父。玄奘慈蔼地看着这位从高昌就跟随自己穿越西域、周游印度，又来到中国的弟子，五味杂陈地说：“这不关你的事，是我将要辞世的预兆。”
第二天傍晚，玄奘在跨越一条小水沟时，不慎跌倒，摔伤了小腿。
玄奘这位曾经将万丈雪山踩在脚下、只身穿越千里沙漠、徒步十万八千里的伟大行者，而今连一道小小的沟坎也迈不过去了。呜呼，一何悲？
正月十三日，玄奘的病情渐渐加重，气息微弱，沉沉睡去。直至十六日，他若大梦初醒，说他眼前出现了一朵颇大的白莲花，芬芳鲜艳，世间少有。十七日，他又梦见成百上千相貌堂堂、身穿锦衣华服的天人来到玉华寺。他们先用美妙的天花、奇异的珍宝装饰玄奘的寮房，接着又在译经院内外和后山的森林里竖起了五彩缤纷的幢幡。同时，天乐奏鸣，梵音缭绕。外形魁伟、相貌庄严的天人将各种各样的珍奇异果献给玄奘……
玄奘醒来，对住持慧德法师感慨道：“佛教说的因果，半点也不虚。”接着，他吩咐说：“嘉尚，你把我所译的经论抄录拿来，看看有多少部？多少卷？”
嘉尚回答道：“总共七十五部，一千三百三十五卷。”
玄奘自贞观十九年首开译场，至今已经整整十九年。十九，又是十九。玄奘十九岁离开自己的故乡洛阳，开始云游参学；出家后的第十九个年头，开始西行取经；他贞观初年西出玉门关，直至贞观十九年归来，首尾又是十九个年头；而今，归国之后恰巧又是十九年……
二十二日，玄奘告诉弟子们：“我的无常已经来到，请你们把大家召集过来。”玄奘将自己所有的僧衣、所有的物品，全部赠给了大家。第二天，又用零星财物设斋，供养了大众。至此，他将生前所有的东西布施一空，然后向大众辞别：“我一生应该做的事，都已经做完了。我希望把所修的福慧全部回施给众生，普愿天下所有的众生往生兜率天弥勒内院。等到将来弥勒尊佛下生之时，随他再来婆娑世界，广作佛事，成就无上菩提。”
那几日，玉华寺似乎总是花香氤氲，仙乐飘飘。很多人曾看到空中飘飞着车轮般大小的白色莲花，花瓣三重，光净鲜洁。玄奘默然静坐到二月四日夜，就像当初佛陀涅槃时一样，右胁而卧，不再说话，也不再翻身。
初五子时，弟子普光轻轻问：“奘师一定能往生到弥勒内院吗？”
玄奘十分肯定地回答：“得生。”
说完，他的呼吸逐渐微弱，静静地圆寂了。时为公元664年3月8日凌晨零时，终年六十五岁。
玄奘舍报入灭之时，因为他的神态太平静、面色太安详了，所以人们并没有马上察觉。等到想起应该为他换件僧衣时，才发现他早已回归兜率天。他的脚虽然已经冷了，但顶骨却是暖的，而且脸色红润，面带微笑，宛若恬然入梦。
不仅如此，直到七天后大殓，玄奘的容颜毫无改变。其实，像玄奘这样的高僧，因终身勤修戒、定、慧，许多境界往往不可思议。
当玄奘圆寂的消息传到京城，高宗皇帝万分哀恸，含悲哽咽说：“朕失国宝，朕失国宝！”
玄奘的灵柩运回长安大慈恩寺，安放在他生前译经的殿堂。每天前来凭吊的人成千上万，络绎不绝。
出殡当天，长安五百里之内的许多民众自发到来，前去送葬的人达一百多万，远远超出了京城的居民人数。民众自发地用绢帛制作了一辆华丽精美的灵车，请求将玄奘的简易灵柩放在这辆车上。弟子们婉言拒绝了，只是将皇帝赐予的物品放在上面，向白鹿原进发。沿途观礼祭拜的人看到此种情形，无不感叹，欷歔落泪。
当夜，留在墓地彻夜为玄奘守灵的人达三万有余。
唐僧玄奘用自己的双足，开创了一条从中国经西域到印度全境的文化之路，用理想与信念铸就了那个时代的灵魂，谱写了一曲荡气回肠的民族之歌。他是中国佛教文化迅速发展的推动者，也是盛唐灿烂文明的创造者。
玄奘一生所翻译的经典成为中国佛教文化中最重要的组成部分，为以后佛教的发展奠定了坚实的基础。后起的华严宗、禅宗，都从中汲取了有益的养分。
他将后半生的全部精力都投入了佛典的翻译之中，因而耽误了个人的修行证悟，但这恰恰是他的伟大之处——大乘菩萨的根本精神——不为自己求解脱，甘为他人做马牛。