向来讲国学的是把自然科学除外的，如清末士大夫主张“中学为体，西学为用”，即认为自然科学是西学，而中学则不过是经学、史学、理学、词章之学罢了，章太炎也说国学只包含经学、哲学、史学、文学，并不包含自然科学，这表现了我国自然科学在学术上地位的低微。其实我国并不是完全没有自然科学，不过是自然科学没有形成理论的体系，也没有分门别类的独立的发展，换句话说，即没有发展成为近代欧洲那样的自然科学罢了。
在我国文化猛进的周秦时期，自然科学的发展相当地快，但经过汉至清的两千年文化停滞时期，过去的科学传统已经衰微，近数百年欧洲科学发达的时期，又因为中西交通的隔绝而不能随时接受欧洲的影响，所以直到清末西洋科学输入以前，我国学术界没有给自然科学以重视。但在过去魄力较大的学者，对于自然现象的研究，也曾于研经习史的余暇加以注意，特别是与“敬授民时”有关的天文学，与制礼作乐有关的音乐理论（律吕学），以及与天文有关的数学，颇有人当作经学或史学范围内的专门之学来研究。所以中国社会如果有进一步的发展（指西学输入以前），自然科学就可能从经学、史学里面分化出来，而取得独立的地位。
我们现在研究我国固有的自然科学，主要的意义是把它当作文化史的一部分来考察，而不是要在这里面寻求现代科学所没有的东西。这正和我们研究中国文学一样，不是要学习作旧诗、填词、作曲，而是要研究中国文学的发展史。自然，我们在祖先的学术遗产中，仍然可以接受若干宝贵的经验，如文学上的表现手法等，而自然科学，虽则贫乏，也未必没有这种附带的收获的可能，例如医药学中的特殊疗治方法，也许可以补充现代医药学的缺陷。