王充哲学属于道家一派，他的《论衡》一书，即根据道家自然主义的观点，来批评当时一般人的迷信。他驳斥阴阳家天人感应、灾异示警的学说，认为人死后没有灵魂，祸福是人自己所造成，不是鬼神主使的。他对于历史的见解，是今优于古的进化观，反对一般人贵古贱今的观念。
王充的方法论颇符合科学，他立论必根据事实、证据，再以心意诠订之，是感性认识与理性认识的统一。他的人性论，认为人性有善有恶，但可随环境而变迁，所以要注重教育。他在《非韩》篇非难韩非，在《问孔》及《刺孟》篇，说明孔子、孟子的学说里也有矛盾，在《说天》及《说日》篇，非难邹衍及天文家的学说。他对于《论语》里面孔子教子贡去“食”存“信”一点，提出反对的意见道：“让生于有余，争生于不足。今言去食，信安有成？……夫去信存食，虽不欲信，信自生矣；去食存信，虽欲为信，信不立矣。”
自孔子成为偶像以来，数千年来，没有人敢公开批驳孔子的议论，只除了王充和明代的李卓吾两人。李卓吾的书曾被人焚烧，王充的书幸获保存，这又可见汉朝虽尊崇六经为官学，民间的学术思想仍然自由，宋明以来，儒家的思想专制，方才变本加厉。清代研究诸子的风气渐开，乃在参证经义的大题目下进行的，并不敢阐扬诸家绝学，与儒家分庭抗礼。因此王充之学，特别值得注意。
《论衡·说日》篇说：“日之长短，不以阴阳……夏时日在东井，冬时日在牵牛。牵牛去极远，故日道短；东井近极，故日道长。”又说：“云雾，雨之征也。夏则为露，冬则为霜，温则为雨，寒则为雪。雨露冻凝者，皆由地发，不从天降也。”这又可见王充有丰富的自然科学知识与严谨的科学精神，与充满术数观念的阴阳家及今文派儒家比较，真不知进步了多少！
可是王充也有一个大缺点，就是认为个人的贵贱祸福，国家的盛衰治乱，都由命中预定，人力不能改变它。这仍是受了时代的限制，免不了世俗之见。