清代思潮的变迁可分三期：
（一）启蒙期。特点是对于明末理学的反动，主张匡救时艰的实学，但仍不完全摆脱理学的窠臼，尤其是都以为必须通经方能救时。开创清学的大师是顾炎武，他研究当时郡国利病，对实际问题有贡献，同时奠立了考证学的基础。其他考证的名家有胡渭、阎若璩。重苦行实践的有颜元、李塨；以史学为根据而注意时事研究的，有黄宗羲、万斯同；专治天文算学，开自然科学之路的有王锡阐、梅文鼎。
（二）全盛期。特点是对理学不再攻击，也不因袭它，又不抱通经致用的观念，完全脱离实际而作书本上的考证，即为考证而考证，为经学而治经学（以上几点不适用于戴震），主要人物是惠栋、戴震、段玉裁、王念孙、王引之等，号称汉学正统派。
（三）没落期。特点是正统派趋于没落，仅俞樾、孙诒让等一二大师守最后壁垒，而今文派康有为等，因晚清时局动荡，乃企图借经学为改良时政的工具，于是著《新学伪经考》，抹煞古文经传，根据《公羊》，创“孔子托古改制”说，又著《大同书》以表现自己的理想，虽救时的志愿可嘉，但其治学态度全凭主观，对于经学本身并没有什么成就，所以这一派也不能发展。
在这三期中的主要学派有四个：（一）浙东学派——黄宗羲（梨洲）创立，万斯同、毛奇龄等继之；（二）东吴学派——创自吴江惠氏祖孙三世，即惠周惕、惠士奇、惠栋（定宇），继之者有余萧客、江声（艮廷）、钱大昕、王鸣盛等；（三）皖南学派——创自婺源江永（慎修），其弟子戴震更光大之，继之者有胡培翚、段玉裁、王念孙、王引之等；（四）常州学派——从武进庄存与开始，继之者有刘逢禄、宋翔凤、魏源、龚自珍等。
上述东吴、皖南两派，都属于全盛期的考证学派；但吴派揭汉学旗帜，拘守汉人学说，毫无创造精神；皖派巨子戴震，并不自命为汉学，但使人从汉学以求新发见，其治学方法根本在“实事求是，无征不信”。所谓朴学，应该以皖派为中坚。因清之朴学，并不是东汉古文学的再现，而是具有进一步的发展的，在其极盛时期，种种专门学术如文字学、音韵学、金石学、史学、地理学、天算学等，都分途进行，而类书的编纂，丛书的校刊，伪书的辨明，佚书的搜辑以及古书的校勘，也是他们的业绩。
常州学派颇注意于今文学的研究，为晚清今文学的先导者，继之者除康有为外，还有王闿运、廖平、皮锡瑞，以及近人夏曾佑、崔适。朴学正统，到最后还有章炳麟（太炎），新派有王国维（静安）、罗振玉。继章氏学者有黄侃（季刚）、吴承仕（检斋）等。
总而言之，清代经学凡三次变化，开始为汉宋兼采，乾嘉时期，东汉之古学全盛，晚清则西汉今文学再起。在此等变化中，有几次的理论斗争，即（一）汉学和宋学的斗争；（二）今古文的斗争。江藩著《国朝汉学师承记》，对正统派经学竭力推崇。方东树著《汉学商兑》，则代表宋学施行反攻。至于今古文的斗争，则从康有为与章炳麟两氏的著作中可以看到。