欧洲自然科学的输入不自清末始，在明代就开始了。从明万历十一年（公元1583年）到清康熙三十九年（公元1700年）之百余年间，西洋教士来到中国的有七十四人，著书二百七十种，除关于宗教者外，还有关于数学、天文学、地理学、农学、论理学等科的。
中国历法，因受这个影响而有所改革。经学家因受这个影响而将天算之学纳入经学的范围，他们认为，经书里面有说及天象及历法之处，研究天算专门之学，正是通经致用的一部分工作，所以当时考证学大师戴东原，对于天文及数学，有相当的造诣。
因此，考证学派之采用科学方法以研究经学，也不能不说是受了西学输入的影响。这个影响如果扩大，各种自然科学都有从经学里面逐渐生长出来的可能。
例如从《禹贡》的研究，已发生了地理学的一部分（沿革地理），从《毛诗》草木虫鱼的研究，可以产生动植物学。但因为当时社会经济没有新的发展，政治方面又为雍正帝的高压政策及乾隆帝的怀柔政策所笼罩，加之，罗马教皇禁止中国天主教徒保存奉祀祖先等项旧的习俗，大为中国士大夫所不满，以致欧洲来华教士大受排斥，中西交通为之中断，所以西学影响，仅达到古书研究方法上的革新为止。